1645年五月初四，李自成率军进入了湖北通山县境内。途经离县城80里九远的宫山时,他命令大军先行,自己率领养子李双喜等28骑登上山头，观察此山的地形，想看看有没有可能把这里作为休兵养马、东山再起的营地。

但他看到此山虽然地势险峻,但人烟稀少,不易筹集兵源,便打消了念头,和众人一起往山下走去。

不料,阿济格所部的清军在山下与李自成的主力遭遇,而且击败了大顺军，只是没有找到李自成。清军从俘虏的士卒口中得知李自成仅带了20多个人上山,便循山路大肆搜索。

李自成遥见事态危急,仓促之间躲进了一个巨大的山洞黄躲洞之中。清兵搜到洞口时,没有发现里面有人。李自成一直等到清兵撤围,才从洞中出来,会合了李双喜和亲兵刘伴当等五六个人，来到小沅堡。正巧遇上山洪爆发,阻住了去路,无法追上往通城的大队人马。李自成打算冲过沅口寨再作道理。

不幸的是,就在沅口寨这里，一小股土匪发现了李自成的踪迹。为首的程九百并不知道他就是威名赫赫的李自成，只是觉得这人可能有油水可捞，便冲上去。李自成等人与他们且战且退，程九百沿途大呼，唤来其他匪徒联合追杀,终于在牛迹岭小月山下把李自成等人包围了。

激战中,李自成与部下失散，他一个人驱马左冲右突，依然冲不出包围圈。他索性跳下马来，挥刀怒吼，奋起神勇，一连斩杀了几个狂徒。吓得其他匪徒连连后退。但是,李自成自己也精疲力尽了。他倚在一块山石上，大口大口地喘着粗气。歇了一会儿，他又唤来自己的坐骑，翻身上马，打算夺路突围。正往外冲时，一只利箭射伤了他的肩膀，他翻身落马。

程九百一见,立即趁机冲上来,扭住了李自成。两个人展开了肉搏。李自成拚尽全力,终于把程九百压在身下，一只手去身后抽剑。宝剑太长,挂剑的环纽又是活动的，一时竟抽不出来。程九百则在他的身上乱蹬乱踢,狂呼“救命!”

就在这生死关头,程九百的外甥金华生猛扑了过来，从李自成的身后用铲子狠狠击向他的头部,鲜血顿时狂涌了出来李自成再也没有力气站起来了!那伙匪徒一拥而上，举起了手中的刀剑……

这伙罪恶的匪徒，杀害了李自成后，瓜分了他身上的东西和战马,弃尸而去。

第二天,路过的农民发现了李自成的尸体，十分同情,用一领草席裹着,就近掩埋了。

曾经纵横天下使300年大明江山亡于一旦因而改写了中国历史的一代豪杰,就这样血洒荒山,抱恨终天!李自成不幸遇难，对于大顺军主力来说，是一个意外的沉重打击。噩耗传来，满营聚哭。巨大的悲痛使得数以万计的将士们几乎不知所措。

他们在通山、蒲圻境内,足足驻扎了3个月之久，才含恨离去。李过、高一功终于渡过长江,追上了原由李自成率领的大军。两路义军于八九月间相会于荆南的松滋。检点兵马，共有骑兵3万,步兵六七万,连同家属,总计有30万之众。只是在南下途中,刘宗敏、宋献策战败被俘,也不屈就义了。

一直跟随李自成南下的田见秀含着眼泪把李自成留下的玉玺(xǐ,喜)郑重地交到李过手上。从此，李过担当起了主帅重任。当时,明朝的宗室在南方又建立了一些小朝廷,史称“南明”。在民族矛盾首当其冲的时刻，大顺军余部决定与南明的军事力量联合起来,共同抵抗清军的入侵,成为抗清的一支颇具威慑力的生力军。

到了1649年,李过、高一功等相继病故，李过的养子李来亨等人还率领余部转战湖北巴东等地,不屈不挠地继续抗清斗争,被称作“夔东十三家”,最盛时人数达20万。李来亨还曾经在鄂西山区的兴山县茅麓山建立了抗清根据地,屯田练兵，坚持斗争达 13年之久。

张献忠也曾率大西军力抗清军的围剿。1645年11月,清顺治皇帝向张献忠下了一道招抚诏书,诏书中软硬兼施,威逼利诱,要张献忠“审识天时,率众归降”,但张献忠根本不理，怒扯诏书,挥师北上迎击清军。不幸消息被奸徒向清军告密。

12月,清兵在川北西充的凤凰山,乘着大雾设下埋伏。等到张献忠率大军一到,清军将领雅布兰一箭射中张献忠的咽喉，张献忠当即落马。清兵乘机掩杀过来,大西军猝不及防,四散奔逃，竟没有来得及把张献忠抢回。当清军俘虏张献忠回营时，他受伤已重,虽然说不出话来,仍然瞠目怒视敌人。大西军已降清朝的一些将领,见状为之震慑,不由团团拜伏在他周围。很快，张献忠就壮烈牺牲了。

张献忠的余部在后来的十余年中，也与南明合作,依然是抗清的一支中心力量。清军一方面不遗余力地镇压农民起义军，一方面也用残忍的手段逼迫各地百姓臣服于清朝，开始了它长达260余年的统治历程。