自1960年起，中日围棋代表团开始了互访，这不仅是20世纪60年代中日围棋界的重要事件，更标志着两国民间关系的正式恢复。首批访华的日本围棋代表团，是由陈毅副总理与当时日本自民党议员松村谦三共同发起的。此次日本派出了棋力与地位兼备的高水平团队，团长为名誉九段濑越宪作，成员包括坂田荣男九段、桥本宇太郎九段、濑川良雄七段、铃木五良六段。

代表团于6月3日抵达北京，6月5日受陈毅副总理亲切接见。中方代表团成员涵盖廖承志、杨翰笙、周士观、林林、张联华等相关负责人。尽管双方阵容强大，但首站北京的10局对弈，中方仅以1胜9负大幅落后；紧接着在上海15局比赛中，中方2胜13负，杭州站更是全军覆没。

次年，1961年，日本围棋代表团第二次访华，抵京后由中华全国体育总会秘书长张联华等人迎接。此次日方阵容调整，由日本棋院理事长有光次郎担任团长，秘书长岩村三千夫领衔，成员中还包括业余选手菊池康郎与安藤英雄。虽派业余选手参战，日方依旧以绝对优势获胜，40局中中方仅5胜1和34负，特别是女性选手伊藤友惠五段以8战全胜的优异表现，激发了中国围棋发展的雄心。

自此，中日围棋界的互访成为常态。1963年9月27日，国务院副总理陈毅在人民大会堂接受日本棋院赠送的围棋名誉七段称号，由团长杉内雅男宣读证书并赠送。10月3日，陈毅设宴欢迎日方代表团全体成员，宫本直毅与桑原宗久两位职业棋手还应中方请求留京一个月，讲解双方对局细节。

然而，因众所周知的政治原因，中日围棋互访直到1973年建交后才得以恢复。此时日本棋院以极高规格接待中方代表陈祖德，并赠送了陈毅副总理的名誉八段证书。此访还促成了陈祖德与“昭和棋圣”吴清源的首次会面，吴清源也首次与新中国棋手对局。对局结束后，陈祖德诚挚邀请吴清源回国探望。日本方面同时赠送了一批围棋书籍、棋子和棋盘，显示了对新中国围棋选手的尊重。

随着中方棋力提升，日方也不断派出拥有“本因坊”头衔的高段选手，双方成绩逐渐接近。孔祥明（聂卫平前妻）在访日比赛中连胜七位日本顶尖女棋手，但最耀眼的还是聂卫平。聂卫平的崛起，震动了日本棋坛，他连续击败“天元”藤泽秀行、“本因坊”石田芳夫、岩田达明和加田克司四位九段高手，尤其石田芳夫作为“终身名誉本因坊”，更是罕见的荣誉，聂卫平的“旋风”效应成为日本棋手难以忘怀的梦魇。

双方的激烈交锋逐渐扩展到国际舞台。1979年3月13日至17日，东京举办了国际业余围棋锦标赛，成为日本围棋界推动围棋全球化的重要举措。日本前首相福田赳夫亲临酒会并致辞，而最终冠军由聂卫平夺得，中方选手更包揽前三名。这场比赛震动了世界棋坛，因为长期以来，围棋规则与术语都沿用日本模式，很多人甚至误认为围棋起源于日本。此次赛事不仅展示了中国围棋的实力，也让全球重新认识了围棋的中国渊源。

随后的中日围棋交流日益多元化，除了传统的代表团互访，还开展了中日高中生围棋赛、快棋表演赛等。1979年，中日高中生围棋赛首次在中国举行，中方选手取得显著胜利。同年12月9日，中日电视围棋快棋赛在日本举办，聂卫平与日本特别快棋冠军武宫正树九段展开精彩对决。

1982年中方代表团访日比赛中，中方选手胜率达到历史新高的76.8%。次年，日方彻底改变策略，派出四名九段、四名八段顶尖职业棋手参赛，令中方胜率有所回落。同年，中日建交十周年之际，双方合拍了以围棋为视角的电影《一盘没有下完的棋》。

1984年10月5日，首届NEC中日围棋擂台赛在东京开战，规则为双方轮流派一人对局，胜者晋级对战败者的下一位选手，直至一方选手全部被淘汰。首届比赛异常激烈，双方互有胜负，但日方选手小林光一十段的连胜让中方仅剩聂卫平一人应战。聂卫平顶住压力，于1985年8月27日在热海击败小林光一，随后两天又在东京击败日本副将加藤正夫。加藤正夫曾囊括日本国内几乎所有顶级奖项，被誉为“5冠王”，但此役败于聂卫平之手。11月，聂卫平在北京战胜日本擂主、六届棋圣藤泽秀行，使得中国围棋声名鹊起，继中国女排夺冠后，再次令国人振奋。

尽管如此，日方并未甘心失败。次年，日方代表团仅用四名选手便将除聂卫平外所有中方选手淘汰，聂卫平面临孤军奋战的局面。在一挑五的壮举中，他连续击败武宫正树、大竹英雄等强敌，再次捍卫中国围棋荣耀。吴清源评价他“已是世界第一”，但这也暴露出中日围棋整体实力尚有差距。

第三届中日擂台赛竞争更加激烈，比分交替上升，加藤正夫击败马晓春后总比分达到8比8平，聂卫平再次迎战老对手并获胜，三届比赛中方实现三连胜。然而轻敌心理导致第四届惨败，日方以7比2大胜，第一位出场的依田纪基七段甚至一挑六后直接对阵聂卫平。日本媒体评价聂卫平“也是人”。

中日围棋擂台赛持续举办至1996年，最终中方以7比4总比分获胜。此赛事不仅影响深远，被誉为现代围棋史上最成功的赛事之一，也造就了聂卫平、常昊、小林光一、依田纪基等棋坛巨星。随着国际赛事日益丰富，尤其是韩国棋手崛起，中日擂台赛精彩度逐渐下降，最终无奈停办。

但中日围棋的激烈对抗并未结束。随着日本新生代棋手一力辽夺得应氏杯，未来两国围棋界的较量仍将精彩纷呈。