日本幕府时代，名义上天皇是国家的象征，但真正掌握实权的却是以征夷大将军为首的幕府机构，天皇和朝廷的存在更多是形式上的象征。然而，并非所有天皇或上皇都甘心成为幕府的傀儡，他们当中也有人曾起兵反抗幕府，这种行为在历史上被称作御谋反，名字听起来既庄重又带些荒诞的意味。

有趣的是，天皇发动御谋反的情况几乎集中在镰仓幕府时期，如承久之乱和元弘之乱，而室町幕府和江户幕府时期几乎未见天皇起兵反抗的记录，直到江户幕府末年的倒幕运动才重新出现。既然天皇身份相同，为何在后两个幕府时期，他们几乎不再御谋反呢？

虽然后世常将镰仓、室町和江户三个幕府归为同一类，但它们与天皇的关系却存在明显差异。镰仓幕府初代将军源赖朝通过派遣地头管理各庄园、分配全国领地的方式，建立起以恩赏奉公制为核心的统治体系。然而，他并没有没收朝廷的领地，这为天皇保留了一定的实际权力。

因此，在镰仓幕府初期，天皇仍掌握一定数量的领地和有限的武装力量。此时的天皇，并非完全被幕府控制的傀儡，而更像是一个被压制的地方割据势力。正是在镰仓幕府内部出现动荡时，后鸟羽上皇自认为时机成熟，发动倒幕行动，这就是史称的承久之乱。

承久之乱是日本历史上第一次天皇御谋反，但很快就被镰仓幕府平定。平乱之后，幕府将后鸟羽上皇及其他两位上皇流放，废黜新即位的仲恭天皇，并杀害大量参与叛乱的公卿，没收他们的领地。然而，镰仓幕府并未全面没收天皇的御料地，因此天皇仍保有一定起兵能力。

随着时间推进，镰仓幕府的恩赏奉公制在抗元战争后逐渐衰落，对幕府不满的武士群体日益增多。后醍醐天皇抓住机会，发动了日本历史上虽不成功却极具影响力的御谋反——元弘之乱。

元弘之乱将倒幕的火种扩散至全国，引发了席卷日本的倒幕浪潮，最终导致镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇一度实现了对全国的实际统治，但他推行的建武新政触动了武士阶层的利益，引起普遍不满，大量武士转而拥护足利尊氏。

建武二年（1335年），足利尊氏攻入京都，迫使后醍醐天皇退位，扶立光明天皇即位。次年，后醍醐天皇逃至吉野重新登基，日本历史由此进入南北朝时代，南北两朝并立。足利尊氏被光明天皇任命为征夷大将军，在京都建立室町幕府。

在南北朝对峙的几十年间，室町幕府通过对南朝军事征讨和对北朝的重新分配，大幅削弱了天皇朝廷的实力。明德三年（1392年），北朝在幕府支持下吞并南朝，持明院统天皇垄断了皇位，直至今日，日本天皇德仁仍延续此统。

北朝的建立以及持明院统的世袭化，使室町幕府时期的天皇地位被严重削弱。虽然天皇和公卿保留少量领地和有限财政独立，但已经没有发动御谋反的实力。室町幕府灭亡前，天皇仍未出现类似行动。

室町后期爆发的应仁之乱将日本拖入战国时代，天皇和公卿所剩不多的领地被战国武士抢夺，大量公卿流亡，生活困顿。留在京都的天皇和公卿甚至常常无法温饱，宫中女官不得不靠卖身维持生计。此时的天皇，已无力组织任何叛乱。

永禄十一年（1568年），上洛的织田信长送给天皇大量财物，使其暂时摆脱困境。然而，信长并非真正的恩人，他从未归还天皇的领地。丰臣秀吉更进一步，将朝廷经济完全置于武士政权控制之下，天皇彻底失去独立的经济基础。

德川家康继承并制度化了前人的做法，天皇和公卿的主要收入依赖江户幕府每年拨发的十万石（后增至二十万石），其他收入渠道被切断，天皇的言行还需遵守《禁中并公家诸法度》，彻底消除了发动御谋反的可能性。

综上所述，镰仓幕府时期的天皇凭借自身领地和武装力量，仍具备发动御谋反的能力；而在室町幕府至江户幕府时期，天皇逐步失去所有领地，从地方权力彻底沦为幕府的附庸，自然无法再进行御谋反了。