二战结束后，曾经强盛的大英帝国逐渐步入衰退，随着全球反殖民化和民主化的浪潮兴起，英国在非洲的殖民统治面临着前所未有的挑战，变得越来越脆弱。

进入上世纪60年代，越来越多的殖民地国家选择宣布独立或脱离英联邦，索马里、南罗德西亚、南非等国家相继脱离。而尼日利亚也于1960年10月1日宣布独立，并很快将国名改为尼日利亚联邦共和国。然而，独立后的尼日利亚并没有迎来和平与稳定。

在殖民时期，英国政府按照自己的意图划定了国界和势力范围，往往忽视了不同部族的实际分布。这种人为的边界划分，使得多个部族被强行聚集在同一块土地上，或者将一个部族分割到不同地区。这种状况加剧了各部族之间的矛盾，为尼日利亚的未来埋下了隐患。在独立前，虽然各部族之间有冲突，但由于殖民政府的强力控制和共同争取独立的目标，局势保持了相对稳定，矛盾没有激化。

然而，尼日利亚独立后，殖民政府的权威不复存在，部族之间的矛盾也逐渐暴露出来。像许多刚刚独立的非洲国家一样，尼日利亚的最大问题就是部族的封闭性和不同部族之间对资源的激烈争夺。虽然黑人政府获得了政权，但缺乏足够的执政经验，导致处理部族矛盾变得异常艰难。最终，这些积累已久的矛盾爆发成了暴力冲突。1966年1月，尼日利亚发生了第一次血腥的政变，由伊博族领导的军事政变推翻了第一届文官政府，伊龙西将军接管政权，成为新的军事领导人。

在这次政变中，伊博族的军官几乎没有遭遇任何伤亡，反而是豪萨族的成员成为主要受害者，这激起了豪萨族对伊博族的极大仇恨。不到半年后，豪萨族发动了第二次军事政变，推翻了伊龙西的政权，伊龙西被杀，伊博族人也遭到了广泛屠杀。约鲁巴人也被卷入了这场血腥的冲突。

根据统计，从1966年9月到10月中旬，超过一万名伊博族人被杀害，数千人因种族清洗而受伤，近200万人被迫成为难民。在这段时间内，伊博族的呼声几乎没有得到政府的回应，尼日利亚政府对伊博族人遭受的苦难表现出漠不关心的态度。这种冷漠让伊博族的领导人认为，只有在东部地区才能保障他们的安全。因此，1967年5月，伊博族所在的东部地区的军人领袖奥朱古上校宣布脱离尼日利亚联邦，成立比亚法拉共和国，并宣布接管东部所有的资源和资产。

比亚法拉共和国得名于其南部临近大西洋的比亚法拉海湾，首都设在埃努古。戈翁政府显然不会允许一个分裂的国家存在，因此开始实施经济封锁，并于7月动用军队进行讨伐，拉开了尼日利亚内战的序幕。

战争初期，比亚法拉军准备充分，且战斗表现颇为出色，但随着时间的推移，双方的力量差距逐渐显现。尽管尼日利亚军队的进攻较为缓慢，但凭借稳扎稳打的战略，他们逐步逼近比亚法拉，迫使比亚法拉军不断后撤。比亚法拉的首都也随着战况的变化多次迁移，从阿巴、乌穆阿希亚再到奥韦里。最终，奥朱古上校流亡到科特迪瓦，比亚法拉共和国被尼日利亚重新吞并，这也标志着持续了31个月的内战正式结束。

这场内战造成了巨大的人员伤亡，伊博族的许多人在战争中失去了亲人。尽管战争结束多年，但伊博族人几乎没有机会在尼日利亚政府或军队中担任重要职务。更为悲剧的是，从1969年下半年起，比亚法拉地区爆发了大规模的饥荒，经济和军事崩溃，整个地区陷入了严重的人道主义灾难。

事实上，内战初期，尼日利亚海军就实施了海上封锁，切断了比亚法拉与外界的联系，阻止了外界向比亚法拉提供食物、医疗物资和武器支持。到1969年6月30日，尼日利亚政府甚至完全禁止了红十字会的救援食品运输，使得比亚法拉的灾难进一步加剧。每天都有成千上万的人因饥饿和疾病而死去。 根据统计，饥饿和疫病导致的死亡人数接近一百万，远远超过了战斗中的直接伤亡。虽然尼日利亚政府最终赢得了这场战争，但也付出了巨大的代价。尼日利亚经济遭受重创，国内生产总值下降了近20%，社会创伤深深影响了国家的每个角落。战后的尼日利亚并未得到真正的安宁，政变接踵而至，先后发生在1975年、1976年、1983年和1985年，军政府长期掌握政权。直到1998年，军政府领导人阿布巴卡尔才决定将政权交还给民选政府。