黄河似乎在与我们较劲，连续两年发生泛滥，导致工期严重延误，造成了新的大缺口，黄河两岸再次变成了泽国。朝廷因此下令罢免了我的职务，但由于没有人愿意接手，最终还是让我继续负责治河，以此来戴罪立功。

但由于我和陈潢只专注治河工作，性格又非常倔强，不懂得圆滑与讨好，我们的做法得罪了一些满汉大臣。他们便找来了曾经治理过黄河的河务官崔维雅，还有户部尚书满洲大臣伊桑阿、工部尚书宋文运等人，来到河道衙门指责我治河的失误。

崔维雅甚至带来了自己写的书，与我辩论。我们拿来看了一下，发现内容完全不同，感觉非常可笑。于是我和陈潢开始展开辩论，最终我们胜利了。崔维雅他们只好灰溜溜地回到京城，我们的治河方案依然得到了实施。

我一直将黄河、淮河和运河的治理视为一个整体，进行综合治理，目的是彻底解决河患。到了康熙二十二年（1683年），海口、高家堰、清口、清水潭、新运口、归仁堤、皂河等大规模的修复工程相继完成，基本上解决了洪水问题，一些漕运的困难也得到了解决。入海口畅通，河水回归原道，漕运顺畅，大批漕粮得以顺利运往京师。同时，早先被洪水淹没的土地也重新恢复了生机，变成了肥沃的沃土。皇帝告诫我：河道关系国计民生，最为紧要，今见河水归道，朕深为可喜，未来要更加谨慎，切不可掉以轻心。随后，皇帝宣布我恢复了原职，并告知我明年要亲自南巡，查看我的治理成果。

果然，在康熙二十三年的九月，皇帝首次南巡。当他看到河道水深流畅，漕船和民船来往自如时，非常高兴，对我大加赞赏，并赐予我许多宝贵的物品。

然而，也不是没有问题。皇帝在南巡途中，看到了里下河的惨状，尤其是高邮、宝应、江都、泰州、兴化、山阳、盐城等七个州县的湖水泛滥，田地被淹，场面极为悲惨。这令他十分痛心，决定治理这片地区。清廷于是任命安徽按察使于成龙负责此事，并指示他要接受我的节制，所有奏报都要先向我请示。

但是，老于成龙这个人虽然其他方面都好，但总是自命清高，刚愎自用，总认为自己是对的。于是他开始与我展开激烈的争论，认为应该疏通海口，清理下河水道，以排除积水。而我则觉得这种做法不可行，指出当地的地势比海潮低五尺，如果先挑海口，不仅不能排水，反而可能引来海水倒灌，不如筑堤引水入海。我们两人的意见完全不合，工程因此停滞不前。这个问题被上报到北京，朝廷对此也无法作出决断。最终，皇帝决定让我们去京城讨论。经过讨论，最终于成龙的方案获得了胜利。虽然我心里并不舒服，但皇帝的旨意我无法违抗。为了安抚我，皇帝指示采纳当地百姓的意见，结果还是倾向于于成龙的方案。我最终只得作罢。这件事困扰了我很久，最终下河的工程停工了。

无奈之下，我只得回到河道衙门，继续专心处理黄河的事务。然而，朝中总有人看不顺眼，尤其是一个叫郭琇的人。他对治河一窍不通，但却喜欢找别人的错误。这个御史官职对他来说，算是没白占，但他专门针对个人而非问题本身，因此他把他老师徐乾学的政敌、南书房的大臣高士奇、明珠等人都参劾倒了。我原以为自己不会卷入其中，结果没想到他因为明珠曾支持我治河，竟将我和陈潢一起参劾了。

由于过去的种种恩怨，我们最终被抓到京城，陈潢被问罪，我也被免职。小陈身体本来就不好，性格又倔强，抑郁而死。我得知消息时，心情十分沉痛。我们的治河工程尚未完成，就遭遇了这场劫难。我自己倒无所谓，但如果治河的工作耽误了，那将直接损害百姓的利益，甚至损害大清的利益。后来，皇帝路过黄河时，认可了我的治河措施，重新恢复了我的职务。但此时的我已经感到力不从心，心情也十分低落，不知道自己还能活多久。于是，我写了两本书，一本是《治河方略》，一本是《我的奏疏》，希望这些东西能传给后人，帮助未来的人继续这项工作。