新疆被称为西域，西域特指新疆的领土，其历史可以追溯到史前时代，一直到清代中期的乾隆统治时期。汉武帝时期，西域正式被纳入中国版图，确立了中国对西域的统治。此后，曹魏和西晋继承了这一统治。然而，随着东晋十六国和南北朝的动荡，以及北方柔然和突厥的崛起，这些民族相继确立了对西域的控制。直到唐朝的兴起，西域才再次被纳入中国版图。随着唐朝的衰落，西域失去了中国的控制，回鹘人建立了喀喇汗国。后来，喀喇汗国分裂，西域成为东喀喇汗国的统治领土。随着女真的崛起，他们灭掉了辽国。耶律阿保机的九世孙耶律阿保机团结西域各方势力，击败东喀喇汗国，并与塞尔柱帝国在卡特万草原展开决战，最终确立了对西域的统治地位，建立了西辽。随着蒙古族的崛起，蒙古军击败乃蛮部，乃蛮部的太子屈出律成为西辽的女婿，与花拉子模国的苏丹阿拉丁一同谋取西辽。由于信仰改变引发民众怨声，蒙古军在民众支持下击败西辽，彻底摧毁了西辽的统治。蒙古帝国建立后，铁木真将西域大部分土地划归给了他的二儿子察合台，建立了察合台汗国。随着时间推移，察合台汗国分裂为东西两个部分，东察合台汗国最终随着元帝国的灭亡消失，蒙古人和当地百姓融合成为瓦剌。瓦剌在新疆建立了吐鲁番汗国、和硕特汗国、叶尔羌汗国等政权，最终准格尔汗国统一了新疆。清朝通过康熙、雍正和乾隆三朝的努力，最终灭掉准格尔汗国，确立了对新疆的统治，带领新疆重新回到中国的怀抱。

在1864年（同治三年），受到太平天国运动和陕甘回族起义的影响，新疆的维吾尔族和回族在天山南北地区爆发起义。当地的变迁和封建统治者的斗争导致了伊犁、库车、乌鲁木齐、喀什和和田五个分裂政权的出现，使得新疆的民族纷争和政局变得异常复杂。1865年1月（同治三年12月），喀什的金相殷、司提克等诸侯，催促浩罕汗国迎接张格尔之子布苏鲁克的归来。浩罕汗国派遣阿古拜将军进攻南疆，入侵了喀什。1865年，阿古柏继续攻占英吉萨尔，打败了西迪克伯克的军队，进一步加强了自己的统治。到1866年底（同治五年），阿古柏吞并了哈比布拉，占领了以和田为中心的领土。1867年，阿古柏推翻了库车政权，建立了“哲德沙汗国”，并自称可汗。到了1870年，阿古柏入侵北疆，占领了乌鲁木齐和吐鲁番。此时，南疆和新疆的部分地区已经被阿古柏完全占领。

在阿古柏占领新疆期间，他的统治十分残暴，不仅压迫了普通百姓，还加剧了浩罕贵族与新疆贵族之间的矛盾。当地的百姓不满，纷纷前往北京向清廷报告。与此同时，英国和俄罗斯的介入使新疆危机更加严重。

1860年（咸丰十年），在《北京条约》签订后，沙皇俄国就新疆的边界问题向清廷提出要求。1864年，俄国趁中国新疆爆发民族起义之机，逼迫清朝签订《中俄西北地区条约》，并吞并了新疆的44万多平方公里土地，进一步威胁占领新疆，计划将长城以北的中国西北和东北纳入自己的版图。

为了筹集军费，左宗棠面临了困难。1876年1月，清朝准备开战，但各省积欠的军费高达2000万两，远不足以支撑西征所需。左宗棠请求借洋款一千万两，但遭到时任两江总督沈葆桢的反对。经过多次努力，清廷最终批准了左宗棠的借款请求。到1881年，左宗棠总共向洋商借款高达1375万两，向华商借款846万两。

为了筹粮和确保后勤供给，左宗棠指派张曜带领前锋部队修建水利工程，屯田积粮，1876年，哈密一带的粮食收成达到5160石，解决了部分军粮问题。为了进一步解决粮食问题，左宗棠还建立了四条主要的粮草运输路线：一条从甘肃河西出发，经嘉峪关运至哈密；一条从包头、宁夏经蒙古草原运至新疆东部；一条在新疆东部采购；一条则借助俄国从俄境内购买粮草。

阿古柏的军队总兵力达到5万人，其中骑兵占三分之一，武器大部分是过时的火绳枪，但也有从英属印度和奥斯曼帝国获得的现代枪支。然而，阿古柏的军队存在严重的内部矛盾，士气低落，很多士兵是强征而来，装备陈旧，士气不振，常常有逃亡现象。尽管浩罕人在清代一直被认为是善战的民族，但阿古柏的军队其实并非不可战胜。

1876年4月7日，左宗棠从兰州出发，率军进入新疆。当时，清军已经在哈密、巴里坤等地驻扎，与阿古柏的军队相持。左宗棠决定先收复北疆的要地乌鲁木齐，然后再进攻南疆。左宗棠派遣刘锦棠带领湘军25营，分批进攻乌鲁木齐。同时，徐占彪和张曜分别率军驻守巴里坤至哈密一线，防止敌人北撤。

阿古柏得知清军准备进攻，急忙布置防守。他派遣白彦虎、马明等人防守北疆的各大要地，同时在南疆集结大部分兵力。左宗棠的战略是“先北后南”，通过先收复北疆的要地，减少后勤压力并削弱敌军防线。经过一年的准备，清军于1876年4月全面发动进攻，很快收复了乌鲁木齐和玛纳斯等地。到1877年春，清军已经完全控制了北疆。南疆的各族人民在得知清军入疆后纷纷起义，反抗阿古柏的暴政。

1878年，清军通过三路进攻成功收复了南疆，并在同年1月2日宣布新疆战事结束。阿古柏因病去世，清朝最终恢复了对新疆的统治。经过谈判，俄国归还了伊犁，但也割让了外伊犁的土地。新疆的收复标志着新疆与内地的统一，左宗棠成功促成了新疆建省，彻底结束了新疆的动荡局面。