在20世纪50年代，晋升为将军后转入地方工作的情况并不常见，而被迫降职转业的将军中，刘毓标少将可谓十分特殊。

1956年，由于“左”的思潮影响，有人仅凭几份毫无可信支撑的伪材料再度抛出了刘毓标曾被俘的经历。这一事件导致他无法证明自己没有变节，从而成为一个悬而未决的案件，这也直接导致他被停职，无法参与任何公职的运作。到了1958年，组织决定让他转入地方工作，但他却被降职至副厅长这一较低的职务。

在1956年之前，刘毓标担任南京军区装甲兵的政委，职务无疑是正式军职。如果他能够顺利转入地方工作，按照当时的职务标准，他理应担任省部级的副职，如副省长或部委的副部长等。然而，他却被安排为副厅级，明显是往下调了三个级别。这一安排无疑是对他职业生涯的极大打击。

担任副厅长期间，刘毓标几乎没有得到提拔，仍然是因为那桩悬案的影响，使得他在工作中受到诸多限制。经过几年地方工作，他在特定历史时期又遭遇不公正的待遇，直到1972年才终于恢复了组织生活。1977年，他被任命为江苏省革命委员会的顾问，随后又被指派负责组建民政厅，担任厅长一职。

关于他早年的历史问题，组织进行了深入的复查，调动了大量人力从浙江、江西、北京等地查阅了原始材料，找到了当年参与围捕、押送和审讯他的敌伪人员，以及一众与他同监的狱友，明确否定了敌人为了进行欺骗宣传而伪造的材料，最终撤销了这一悬案。然而，此时的刘毓标已年过七旬，身体和精力都无法再承担高强度的工作任务，加上干部年轻化的趋势，他也到了应当退休的年纪。1979年，他申请辞去厅长职务，转而担任江苏省政协的副主席，虽然这一职位仍属副部级，但上级给予的医疗待遇却按照省长的标准进行安排。

在80年代，针对退居二线或离休的干部，国家出台了一系列相应的政策，包括医疗保障、住房条件等。根据他的职务，国家为他提供了相应的住房标准。子女们回忆起，年过七旬的父亲常常弯腰蹲下，细心地用皮尺逐一丈量每个房间的尺寸，甚至连楼梯拐角的亭子间都没有放过。他认真地在纸上做着记录，反复计算房间的面积，以免超过规定的标准。

子女们提到，父亲一生对任何损害民众利益和脱离群众的行为都深恶痛绝，常常告诫他们公家的便宜不能随意占有。如果没有那桩“悬案”，他在1952年便能升为正军职，并且如果留在军队，他很有可能被提拔至大军区级的副职甚至更高的职位。