明代洪武十三年以前，丞相一直是统率百官，辅佐皇帝治理天下的最高行政长官。从一定程度上来讲，丞相分享了一部分的皇权，是真正的一人之下万人之上。明太祖废除丞相制度后，内阁应运而生，此后成明清两代的最高权力中枢。不过比较而言，明清两代的内阁又有很大的区别。

一，机构设置上的不同

洪武十三年，朱元璋彻底铲除了丞相制度，从此皇帝集皇权与相权于一身。但政务之繁剧，却远非皇帝一人所能胜任，尽管朱元璋起早贪黑忙个不停，可是很多政务仍无法顾及。于是便出现了内阁制度，翰林官们因而有机会走上权力的顶峰。

明代的大学士权力较重，尤其是内阁首辅几乎和宰相相当，而清代的大学士地位则另当别论。清初时，设议政王大臣会议处理国家重大政务；雍正时，又设军机处；咸丰时，又设总理衙门等机构与内阁分权。这就造成了清代内阁不可与明代内阁同日而语。

明代“非翰林不入内阁”，内阁大学士由翰林出身者十居其九；而清代为满汉双轨制，满大学士并不要求翰林出身，这就造成了清代的翰林院与内阁的关系又不能和明代相提并论。不过，清代的内阁为正一品衙门，大学士为文官极品；从机构设置上来看，清代的内阁是当时高于所有中央部院的一个具有中枢性质的机构。

很多人认为，清中期以后，军机处才是中央的权力中枢。其实这种看法不完全准确。《大清会典》称：“内阁大学士掌议天下之政，宣布丝纶，厘治宪典，总均衡之任，以赞上理庶务”。大学士（包括协办大学士）与内阁学士统称“阁臣”，事实证明，“阁臣”在清代中央机构中无论是地位还是作用仍然是举足轻重的，并不像人们想象中那样是个摆设。

二，职能上的不同

清入关后，于顺治元年（1644年）即从大学士冯铨、洪承畴之议，继承了明代内阁“票拟”的制度，决定由内院票拟题奏，这是清代“票拟”之始。票拟之权仍由大学士所掌。

其具体步骤是：先由内阁侍读详阅并拟出初步处理意见，称为“票签”，送大学士阅定后，再由票签处中书誊写正签，随本附进。凡事属两可或是阁臣难以提出肯定意见时，须由皇帝决断的本章，内阁则票拟两种、三种，甚至四种意见供皇帝选择采用。

明代的皇帝为限制内阁权力，另有批红之权操于皇帝。但实际上此权往往落入司礼监太监之手。清代对此进行了变更，每日进呈之本章，或照拟、或须请旨，或于原签内奉朱笔改定。如果经过皇帝的最终认可，是为“红本”。随后便可传抄于各衙门。皇帝若是不同意内阁所拟之签，则会将本章折一角退回内阁，称为“折本”。内阁接到折本后，须当面向皇帝请旨。

清代的内阁大学士虽没有明代那么权重，但皇帝在很多重大事务上并不直接批答本章。而只是在内阁大学士提出意见的基础上，才做决断，皇帝的个人意见还是受到一定限制的，是一种程序运转下的产物，因而大学士所起到的作用是显而易见的。

清代汉大学士一般也要求是翰林出身，有清一代大学士共119人，其中翰林出身者达101人，进士出身者17人，举人出身者仅左宗棠一人。足以说明，清代对大学士要求还是很高的。

雍正七年，清廷设军机处，阁臣参与机务之权逐渐转移。不过阁臣票拟之权一直未变，只是中枢权力被分割为二，即阁臣票拟本章，负责庶务（一般事务），军机大臣拟发谕旨，承办机务（重要政务）。不过，军机处是个临时性的办事机构，历任军机大臣中也有许多人是大学士兼任，因此，名义上内阁大学士仍是百官之统率。