如果要说满清最危险的时期，估计除了晚期被列国欺辱之外，就数吴三桂“三藩之乱”了，席卷了大半个满清疆域，吴三桂兵锋直指北京城，在危急时刻，有两个汉人挺身而出辅佐康熙帝评定叛乱，这两个汉人一个是周培公，辅佐图海平定威胁最大的王辅臣；一个是姚启圣，辅佐康亲王平定耿精忠。

姚启圣在平定耿精忠之后，又说降了吴三桂手下被称为“小淮阴侯”的韩大任，韩大任骁勇善战，令无数清军都无可奈何，韩大任降清后，姚启圣得到其部卒3000人编入亲军。姚启圣随康亲王攻克邵武和兴化，完全收复漳、泉之地，郑锦逃回厦门。总督郎廷佐上奏康熙称姚启圣与其子姚仪屡获战功，且养军购马、备置甲胄弓矢，先后用银五万两都是自己筹措出资，康熙皇帝下诏嘉奖，晋升福建总督。

在姚启圣担任福建总督期间，康熙皇帝准备收复台湾，姚启圣偕同海澄公黄芳度从永福进兵，收复平和、漳平二县。郑锦麾下大将刘国轩等进逼泉州，立营于蜈蚣岭。姚启圣率壮士出战，将军赉塔、都统沃申等夹击，连破郑锦营寨，斩杀其部将郑英、刘正玺等十余人，刘国轩兵败逃遁海澄。姚启圣乘胜攻克收复长泰县，因战功被进封正一品。

后来姚启圣偕赉塔、杨捷及巡抚吴兴祚协力追歼，大败郑锦军队，先后招降官吏400余名、士兵14000余人。1680年2月，姚启圣与赉塔及总兵赵得寿、黄大来等分兵七路合击，破敌19寨。另派遣军队渡海，攻下金门、厦门，招降朱天贵、杨彪等，进封兵部尚书、太子太保。

1682年2月，姚启圣因攻克海澄、金门、厦门之功，被授予世袭骑都尉，加一云骑尉。当时郑经已死，其子郑克塽袭位，称延平王，表示愿意对清称臣进贡。姚启圣上奏，康熙不许，命水师提督施琅攻取台湾。1683年，施琅攻克台湾，姚启圣还兵福州。

如果要说，攻占台湾谁的功劳最大？施琅只是最后的实施者，其实最大的功臣当属姚启圣无疑，但是姚启圣还兵福州不久背部旧疾复发，很快病故，终年六十。

朝廷商议姚启圣修造船舶、军械仍亏欠四万七千帑金，应予追缴。康熙皇帝感念姚启圣生前劳苦，免于追缴。

在清朝初年，朝廷没有强大水师，对于盘踞海岛的郑军久无良策。后来在姚启圣担任福建总督时期，奏请朝廷委派重臣专职水师提督， 重视水师事务。康熙于是调拨万人从江浙选战船百余艘，从湖广拨发新式西洋火炮，大为增强福建水师的力量。

但是到最后因为亏欠四万七千帑金，朝廷还认为应该追缴，果然汉人，在满清人眼中就是受利用的；连实施最后一步的施琅都因功得以进封靖海侯；但是功劳最高的姚启圣却一无所获。

《简明清史》：“施琅与姚启圣在收复台湾战役中各有功绩，尽管最后率军攻入台湾的是施琅，但如果没有姚启圣前期的准备与铺垫，施琅不会轻易取得这场胜利。康熙皇帝本人及清朝史书多将平台之功归于施琅一人，皆因施琅攻取台湾后抢先姚启圣数日奏报朝廷，得以进封靖海侯。而实际劳苦功高的姚启圣却一无所获，返还福州后即在病痛中郁郁而终。”