自六部创建以来，明代的六部是历史上地位最高的（包括清代），这一点没有疑问。可是明代六部之上还有一个内阁，那么内阁的地位、权力就真的要比六部要大吗？实际上不尽然，有一个此消彼长的过程，这主要还得看是哪个时期。

自明初以来内阁作为皇帝的决策辅助机构在宰相化进程中地位逐渐崛起，两者就不可避免地产生了冲突。由此形成了明代官僚政治中一种独特的形象——阁部之争。

朱元璋废除丞相制度后，六部成为最高的行政机构。内阁制度的形成主要是在永乐时期，当时的阁臣虽然很受重用，但从品级上来来说，阁臣仅为翰林官，官止五品，地位无法与各部尚书相比。仁、宣时“三杨”加公孤，兼尚书衔，但其品序仍然在吏部尚书之下。总体来看，宣宗以前，六部仍处于绝对优势地位。

至正统时，票拟权归内阁，形势发展才有利于内阁。虽然内阁的权力在扩大，同时阁臣的出身也在发生变化。自景泰时期王文以左都御史进吏部尚书，入内阁后，以部尚书、侍郎入阁者越来越多，阁臣的地位显著提高，这时，六部和内阁进入相持阶段，地位相近。

从正德时期焦芳起，阁臣开始兼有吏部尚书之例，如方献夫、严讷、吕本等，至隆庆年间高拱以大学士兼吏部尚书竟达三年，直接侵夺部权。

此间虽然内阁的地位渐隆，但六部仍然受到皇帝的眷顾，有时在参与机要上竟获得比内阁更高多的信任。弘治时期刘大夏为兵部尚书就很受弘治地信任，时任阁臣刘健、李东阳、谢迁三相所议之要务，弘治帝都会询问刘大夏的意见。

嘉靖、万历两朝是内阁势力最大的时期。张璁、夏言、严嵩、徐阶、高拱、张居正相继担任首辅。在这些权相的压制之下，六部不得不屈服。史称“六曹文武之柄，政为极重”。严嵩为首辅时，“操权自利，六卿皆束手。”张居正为首辅时，“政事一决居正”。阁部之间的平衡被打破，阁权全面压制部权。嘉靖以后，阁臣朝班位次，俱列六部之上，这标志着阁部之争中内阁优势的确立。

张居正之后，再也没有出现有作为的阁臣，而且张居正由于专权被清算，阁臣对六部的干预较为收敛，六部的地位也有所回升。在几任吏部尚书（宋纁、陆光祖、孙珑）努力下，部权有所振作，六部在受到阁权压制的时候，敢于从制度出发，理直气壮地加以抗争。

正是在这几任吏部尚书期间，张居正时“部权尽归内阁”的局面有所扭转。天启初，吏部尚书周嘉谟、赵南星与阁臣叶向高、刘一燝等颇能各守其职，同心相济，阁部关系趋于均衡。

虽然六部权力一度被内阁侵夺，但从制度规定上，内阁不具备干预六部的权力，这是内阁与宰相制度的深刻区别所决定的。内阁虽然在权力和地位上逐渐建立起对六部的优势，但并不能够最终直接控制六部，六部仍享有独立的行政权力。内阁只能利用其政务处理和决策上相对有利地位来达到干预和牵制六部权力的目的。

实际上，内阁和六部的争权主要集中在人事任命上，即与吏部的矛盾。按明制，廷推是朝廷用人制度的主要程序，必须由吏部尚书主持，就连阁臣的人选也在廷推上最终确认。所以，内阁几度上奏皇帝采取“特简”的方式，因为特简只要内阁票拟便可，这样便能插手人事权。

整体来看，内阁可能在实际权力上超过六部，但从官品上，六部远较隶属关系上属翰林官的内阁为高，内阁大学士须领部尚书衔或保、傅衔以自重，内阁大学士在官方的署名上也必须先言某部尚书，次言兼某某殿阁大学士。实际上，明代的阁部之争，反映了原属宰相的权力被分割的现实，谁也不可能在分权体制中获得绝对的优势。