自17世纪以来，沙俄分三路侵入我国北部。西路，以托波尔斯克为基地，溯额尔齐斯河而上，侵入准噶尔部游牧地区；中路，以叶尼塞斯河而上，侵入贝加尔湖和喀尔喀蒙古地区；东路，以雅库茨克为基地，溯勒拿河而上，侵入黑龙江流域。

顺治末年至康熙初年，沙俄利用清朝忙于国家统一和平定三藩之乱，进一步侵占了中国领土尼布楚和雅克萨等地，对沙俄军的上述侵略行径，康熙帝多次遣使进行交涉、警告，均未奏效。清康熙二十四年至二十七年（1685—1688年），中国军队为收复领土雅克萨，对入侵的俄军所进行的两次围歼战，均取得了重大胜利。

那么，为什么清朝在战胜的情况下，没有乘机收复尼布楚，反而在1689年9月7日（康熙二十八年七月十四日），与沙俄在尼布楚签订中俄《尼布楚条约》，将贝加尔湖以东的尼布楚之地划归沙俄呢？原来在东路抗击沙俄侵略取得重大胜利的时候，西路、中路出了大问题。

当时盘踞在新疆的葛尔丹为了利用沙俄力量来牵制清政府，实现其一统蒙古的政治图谋，决定全面调整与俄国的关系，以谋求俄国的支持，增强与清廷抗衡的实力。康熙二十二年（1683年），噶尔丹派使者，携带致沙皇的信件抵达伊尔库茨克，宣称“他们的主子已经听到俄国与中国在黑龙江流域发生摩擦的消息，特地派他们到莫斯科来”。

葛尔丹的这一要求正中沙俄下怀，为达到侵略中国西北边疆的罪恶目的，沙俄对噶尔丹进行拉拢利诱。康熙二十六年（1687年）底，沙俄参加中俄边界谈判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，阴谋策动噶尔丹叛乱，支持他进攻喀尔喀蒙古。

康熙二十七年（1688年），噶尔丹率军3万，越过杭爱山，大举进攻喀尔喀蒙古游牧地区。由于噶尔丹派遣的千余名喇嘛作内应，噶尔丹的骑兵乘势击溃车臣汗和扎萨克图汗两部，噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，产生了极严重后果，当时正要去前往色冷格与沙俄使臣戈洛文谈判的索额图等人，行至喀尔喀地方，因为道路被阻，不得不退回了北京，这一事件严重影响了清政府在谈判中的有利地位，只得将谈判地点改为尼布楚。

在谈判过程中，双方争执不下，戈洛文强要以黑龙江为界，索额图表示可以将尼布楚一带让与俄国，以石勒喀河、鄂嫩河至因果达河一带为界。但戈洛文仍坚不接受。索额图为了达成和解，好集中精力对付葛尔丹，不得不继续退让，先是提议以从北面流入石勒喀河的绰尔纳河为界，俄方不允；后又提出北面以注入石勒喀河的格尔必齐河为界，南面以额尔古纳河为界，戈洛文才勉强同意。

而对中方提出的划分俄国新占领的西伯利亚与毗邻的喀尔喀之间的边界问题，戈洛文则借口沙皇并无指示，且喀尔喀已为噶尔丹占领，清朝无资格与俄国谈判此问题，予以拒绝。1689年9月7日，中俄双方签订《尼布楚议界条约》。根据此条约，俄国全部占领黑龙江流域的阴谋破产，但与大清帝国建立了贸易关系。