清初以内三院为六部之首，其中内阁大学士满族一品、汉族五品，顺治亲政后虽然大学士表面上满汉平等，然实际汉族大学士只是陪衬，如时人谈迁所形容：“京堂俱一满一汉，印归满官”。虽然清中叶以后汉族大学士可与满族大学士分庭抗礼，然而决策权不在内阁，满族亲贵依然独揽大权。

清军入关之初，清廷设立内三院，即为内弘文院、内国史院、内秘书院。内三院仿照明朝内阁制度 ，设置承政之职，同为承政，旗人承政为一品大员，汉人承政为五品小吏。来华传教士、中国官员汤若望指在清廷中较高的官缺都由一个满人和一个汉人掌握，但是“满人自然不能不略占优势，而主要工作则皆汉人担任了”。来中国旅游的日本人也洞悉到：“太祖兴满洲，一统汉土，不能信任汉人，诸官必并置满汉人，以持权衡。”

顺治八年，内三院被撤销，改设六部。六部的首脑由原内三院满汉大学士兼任，内阁制度正式运行。内阁大学士在表面上可以平起平坐，但实际上汉人大学士地位远在旗籍大学士之下。雍正五年（1727），世宗以上谕的形式确定了满洲大学士居首的制度，“满洲居首之大学士，在前行走外，其馀大学士行走班次，应按其补授之日，前后行走，不必分别满、汉。”在此所谓的“不必分别满、汉”有前提，是以满洲大学士居首，乾隆十三年（1748），“始定制满汉大学士各二员，遇岁时、庆节、朝会，侍班汉大学士位在满大学士下。”

满洲的贵族在政治或生活领域主要在教育、科考、补缺、律法、生活待遇等方面享有一定特权待遇。清廷特为宗室子弟特设宗学，觉罗子弟有觉罗学，普通八旗子弟有咸安宫官学等八旗官学，内务府子弟有景山官学等。在文武科举之外提供笔帖式、翻译士、皇帝侍卫等方式供满洲子弟进入仕途。

旗人因仕途坦荡，升职迅速，汉族士人子是多有不满：“十年窗下苦，不及一声嚎”。清末刚毅由笔贴式升至尚书时，狂妄地对汉人翰林说：“内人日内免身，倘生男也，坠地即与君同一资格。”这一狂言被在场的汉族官员夏仁虎记录下来，他愤愤不平地评价道：“盖满人捐数十金可得笔贴式，其升途一切与编、检、七品小京官同也。此本汉、满显分之阶级，唯刚傲恨，不恤人言，乃引以辱汉人耳。”李提摩太与刚毅交流时发现：“通过刚毅的详细叙述，可以清楚地看到满族人与汉人之间的鸿沟有多宽，之间所充满的嫉妒有多深。”

清朝的六部虽然沿袭明朝，但是清朝的六部的权力不如前朝，六部尚书更不能直接对部下发命令，而六部尚书也不是行政首长。六部的权限权力集中到皇帝手里，同时还有满汉之分，有一个汉人尚书，就必须有一个满洲尚书，并且始终以满尚书为主。

清廷不仅在中枢机构重用旗人，部院下属各衙门等机构内也重用旗人，六部官员成分情况，仅从《清朝通志》一书中所记载就可以看得非常明显，笔贴式一职在任何部门均无汉人，完全由旗人担任。在吏部中官职，一些汉人可以充任上至尚书、侍郎，下至郎中、员外郎等官，但是其他部门的基层官员基本上被旗人垄断。光绪朝祭酒盛昱曾言：“八旗之人不及汉人什百分之一，八旗之京官乃多于汉人数倍。”

有清一代,理藩院始终没有汉人在其中任过职，均由旗人独揽，只有到了清末才有为数极少的汉人充任。还有一些清廷认为重要省份的总督、巡抚均定为旗缺，乾隆解释边疆地区之所以重用旗人，是因为旗人骑射能力比汉人强。“朕前降旨：沿边及直隶地方营协，参用八旗满洲人员。原因满员弓马素优，人材骁劲，习于劳苦，整顿营伍，是其所长，是以令其分缺补用。今行之数年，边方营伍渐次整饬，而满员之于外任相宜者，亦俱经擢用。”然而实质上正如清代学者杭世骏在时务策中指出：“满洲才贤虽多，较之汉人仅什之三四。天下巡抚，尚满汉参半，总督则汉人无一焉!”部院以下各司的中层官员也是如此，旗缺居多，仅八旗满洲官缺就占到60％左右。

历代清朝皇帝谨记祖训：“本朝君临汉土，汉人虽悉为臣仆，而究非同族，今虽有汉人为大臣，然不过用以羁縻之而已，我子孙须时时省记此意，不可轻授汉人以大权，但可使供奔走之役而已。”

由于满汉地位悬殊，常有低级旗籍官员污辱汉族高级官僚的事件。又满汉大臣相见礼还是不平等，在晚清，“司员笔贴式谒见，满者请安，汉者打躬”。另外，在清朝官制中还存在满汉同官不同级的现象，如平级的官员，旗籍官员权力在汉官之上。

总之，就全国官员总数而言，汉人多于满人，但京内外文武要缺，则满人多于汉人。由于有满人只任六品以上官的成文，就保证了人数很少的满人集中控制中央和地方的要职。