萨尔浒之战后，明朝失去了辽东战场的主动权，战后，后金强势崛起，面对后金八旗军强劲的攻势，明朝朝堂上形成了以熊廷弼主攻派和王在晋主弃派的两派意见。当时，熊廷弼建议趁后金实力尚不强盛之际，集中明军的优势兵力，打击后金；王在晋则建议辽东形势已经不可为，干脆放弃关外的据点，退守山海关，以减少后勤补给的压力，缓解大明的财政危机。

两派意见各有利弊，最终万历皇帝选择了熊廷弼的意见，并以熊廷弼为辽东经略全权负责辽东地区的防务，熊廷弼一上来就积极进取，为关外各据点补充物资和兵员，并派出小股部队袭击骚扰后金的腹地，同时策动后金统治区内的汉人反抗后金。最牛逼的是，熊廷弼派遣自己的爱将到皮岛（鸭绿江口上的岛屿）建立攻击基地，开辟第二战场。皮岛这个地方不得了，它是连接大明与朝鲜的重要桥梁，同时也是大明插在后金后方的一颗钉子，毛文龙利用皮岛靠近后金的地理优势，经常性派兵袭击后金的后方，并大量接纳不服从后金统治的汉人，毛文龙的队伍迅速壮大，毛文龙还利用与朝鲜的海洋贸易赚了大量的银子，自己在皮岛的驻军，连军费都不要大明中央政府发，熊廷弼的安排真真是一本万利。

就在熊廷弼准备大干一场的时候，58岁的万历皇帝驾崩，即位的明光宗朱常洛在位仅仅39天就去世了，接替朱常洛的是他的儿子明熹宗朱由校，年号天启，是为天启皇帝。朱由校上位后，重用宦官魏忠贤掌管朝政，因为熊廷弼与魏忠贤不对付，最后熊廷弼被魏忠贤罢免并处死，代之以王在晋为辽东督师，王在晋一上来就废除了熊廷弼的进攻策略，放弃大片熊廷弼收复的失地，大明上层统治集团斗争最终导致辽东稍微好一点的局势再次崩坏。唯有毛文龙因为远在皮岛，得以幸存，大明内阁还将毛文龙的皮岛驻军改编为东江镇，正式成为了大明的在编正规军，此后毛文龙仗着天高皇帝远，日子过得好生潇洒，但毛文龙对后金的袭击可是一刻也没停，努尔哈赤包括后来的皇太极对毛文龙的痛恨一点不下熊廷弼。

天启七年（公元1627年），23岁的木匠皇帝朱由校（天启皇帝喜欢做木匠）去世，因为没有留下子嗣，皇位由他的弟弟信王朱由检接任，朱由校上台之后改年号为崇祯，是为崇祯皇帝。朱由校上位后，立即处死了魏忠贤，并提拔了一大批被魏忠贤打击报复的大臣和将领，同时启用此前在宁远大捷、宁锦大捷中的战斗英雄袁崇焕为辽东督师，朱由检还赐袁崇焕尚方宝剑，许便宜行事，誓要恢复辽东，驱逐建奴（后金）。

袁崇焕到前线后，迅速改变此前王在晋消极防御的策略，转而积极进取，重新恢复山海关外的据点，同时积蓄粮草物资，并联络朝鲜，以待局势变化。

为了保障军令统一，袁崇焕试图收回对东江镇（皮岛）驻军的控制，但尝试几次后发现东江镇犹如铁板一块，除了毛文龙他们谁都不认。袁崇焕立功心切，自然无法放弃对东江镇驻军的控制，于是一个大胆的想法浮现在他头脑中。袁崇焕假意到东江慰问当地驻军，并邀请毛文龙一起吃晚饭，毛文龙心想在自己的地盘上还怕他袁某人不成，遂大摇大摆去赴宴，结果一入大帐，就被袁崇焕的卫士擒获，袁崇焕请出尚方宝剑，将毛文龙就地处死。

袁崇焕处死毛文龙的消息一传出，东江镇的官兵莫不忐忑不安，后来，袁崇焕派遣自己的心腹来接管东江镇，但压根镇不住这些骄兵悍将。昔日，毛文龙的3位心腹将领孔有德、耿仲明、尚可喜见在袁大帅手里混的没前途，于是带着自己的炮队投降了后金，当时后金最恐惧的就是明军的炮兵，一直想着组建自己的炮兵部队，但苦于没有人才和装备，一直没有进展。如今，孔有德、耿仲明、尚可喜带着现成的炮队来投，一下就将后金的炮战提升了N个档次。

更被动的是，因为袁崇焕突然处死毛文龙，导致东江镇的毛文龙旧部大多投降了后金，这些毛文龙旧部又帮着后金夺取了东江镇，大明在后金后方最重要的军事基地不复存在，东江镇的陷落使得后金在南下攻击明朝时彻底失去了后顾之忧，同时也使得明朝与最忠实的藩属国朝鲜的联系彻底中断，之后朝鲜也投入了满清（后金）的怀抱，此前熊廷弼苦心经营的收复辽东战略全面破产，大明从此再无收复辽东的可能，而随着辽东的丢失，明朝在北线与后金（满清）的战斗中始终处于被动状态，明朝不得不在山海关外的辽西走廊上维持一支庞大的驻军以遏制后金（满清）对内地的渗透，这支庞大的军队所消耗的巨额军饷（辽饷），反过来又加重了大明的财政危机，为了筹集辽饷，明朝不得不加重赋税，最终激起民变。大明最后的十几年时间，就是在不断的民变与辽东战事中度过，直到1644年的到来。