相当初，清朝廷分封三藩的目的，本是为更好镇守边疆，免除朝廷的后顾之忧。然而，自吴三桂，尚可喜，耿继茂（耿仲明畏罪自杀后，由其子耿继茂袭职）三王分镇滇、粤、闽之后，手握重兵，雄踞一方，尾大不掉，逐渐走上了与中央集权政府相对立的道路，成为分裂割据的军阀势力。这也自是不能被年轻气盛的康熙所容忍。

康熙亲政后，曾把削藩与治河、漕运视为“三大事”，还用纸条写下贴在宫中墙柱上，可见，削藩一事，在他心目中的位置有多重要。

随后，随着削藩力度的不断加大，也最终首先把吴三桂逼反。

当时，康熙年仅20岁，血气方刚，不是那种瞻前顾后，患得患失之人。再加上与鳌拜的斗争，让他经受了一次洗礼，变得干练、沉着、果断、坚毅，积累了一定政治斗争经验。

所以，见吴三桂果真反了。康熙便迅速调兵遣将，制定了平叛部署。荆州（今湖北江陵）居天险之中，战略位置十分重要，自古为兵家必争之地。因当时叛军已攻入湖南，居民震恐，人心浮动。康熙便立即派前锋统领硕岱率精锐骑兵，昼夜兼程前往防守，以稳定军民之心，并进据常德，阻止叛军北上。

康熙十二年（1673年）十二月二十四日，又任命多罗顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，总统诸将驻守荆州，多罗贝勒察尼、都统觉罗朱满等8人参赞军务，都统范达礼、王国诏等14员大将同往，总计八旗劲旅约11万人。

康熙以重兵抢先据守荆州，凭江设防，切断了叛军北进的道路，是稳定战局的重大决策。

鉴于四川邻近云南，军情紧急，康熙令西安将军瓦尔喀率全部骑兵，选拔将领，昼夜开赴四川，坚守由滇入川的所有险隘之地，又因广西与贵州接壤，又任命已故定南王孔有德女婿孙延龄为抚蛮将军，统领所部军队固守广西，堵住吴三桂向广西的进攻，又谕令陕西总督哈占，甘肃提督张勇等，捍卫边境，稳定大西北后方。

不过，至康熙十三年（1674年）春，孙延龄、耿精忠又相继反叛，形势进一步恶化，康熙再次迅速增调兵力，再先后派出六路大军，第一路，宁南靖寇大将军勒尔锦等，由常德、澧州（今湖南澧县）进攻云南；第二路，镇南将军尼雅翰等，由武昌出发，分水陆两路进攻岳州（今湖南岳阳）、长沙、直趋广西；第二路，安西将军赫业、西安将军瓦尔喀等，由汉中进攻四川；第四路，平南将军赖塔，由浙江进攻福建；第五路，定南将军希尔根等，由江西进攻福建；第六路，平寇将军根特巴图鲁等，率军赴广东，会同平南王尚可喜防剿叛军。

与军事行动相配合，康熙还采取了一系列的政治手段。比如，战争爆发后，康熙当机立断，下令停撤平南王、靖南王二藩，立即召回派往广东、福建的撤藩钦差，并亲自给尚可喜、耿精忠每人发了一道手谕，加以安抚，以免他们倒向吴三桂。同针对吴三桂发谕，凡有擒斩吴三桂首级者，即以其爵位封赏；以兵马城池归顺朝廷者，论功行赏。

至康熙十三年（1674年）四月十三日，康熙又下令，将吴三桂之子吴应熊及其孙吴世霖处以绞刑，并毁掉吴三桂在关外的祖坟，以示与叛军誓不两立。

康熙十三年（1674年）十二月四日，陕西提督王輛臣在宁羌（今陕西宁强）叛变，杀经略陕西军务的刑部尚书莫络。使西北后院失火，局势一下变得严峻起来。使清军一下陷入多面作战的境地。

但康熙异常冷静，沉着应战，重新调整战略部署，以福建、浙江、江西为东战场，四川、甘肃、陕西为西战场，湖广为中心战场，分别配备良将劲旅，相继进剿。

在东战场，有安亲王岳乐率军奋战于江西，康亲王杰书等分讨于浙江，在中心战场，康熙反复指示勒尔锦等，擒贼先擒王，主攻湖南，速灭吴三桂，各地叛军自然树倒猢狲散。

与此同时，为保障前线供给，加强信息传递，康熙还迅速建立接转基地，沟通北京——德州——兖州——江宁——安庆和北京——太原——西安两条运输线，以保证援兵及各项军用物资源源不断运往前线。

为保证军情传递迅速、准确，康熙又令兵部在原有驿站之外，每400里设笔贴式一员，拔什库一员，遇有紧急事务，不分昼夜急驰传递。

这样，便大大加快了通讯效率，能及时了解前方军情，掌握战争主动权。甘肃与北京相隔5000里，有关情报只需9天时间就可送达。荆州、西安5天，浙江4天，吴三桂最初对康熙颇为轻视，以为不过一乳臭未干的小子，未经大战，不晓军事，没有什么可担心的。后来，又听说驿报如此神速，不由得仰天长叹：“完了，完了！不可与他争锋也！”