我们先来简单了解一下总督这个职务，总督是明清两朝的封疆大吏、地方首脑，手握地方军政大权，地位尊崇权力极大，但是总督管理省份还是有很大区别的，少则管一省，多则管三省。

清朝时对统辖一省或数省行政、经济及军事的长官为“总督”，是典型的封疆大吏、地方要员，位高权重，其官阶为正二品，部分总统可通过兼领兵部尚书衔高配至从一品。总督常常与巡抚协同治理地方，然而巡抚仅专掌一省之政务，总督却可以兼领数省。总督在地方上的权力是很大的，除了日常政务，还兼掌军务和经济，妥妥的封疆大吏。

有清一代，共在地方设立九大总督，分别是：直隶总督、两江总督、四川总督、闽浙总督、云贵总督、两广总督、湖广总督、陕甘总督和东三省总督，另外还有主管河道堤防、疏浚等事的河道总督、负责全国漕运事务的漕运总督。

在这九大总督中，东三省总督总管奉天（辽宁）、吉林和黑龙江三省军民政务，陕甘总督总管陕西、甘肃和伊利三省的军民政务，两江总督总管江苏（含今上海）、江西和安徽三省军民政务，闽浙总督总管福建、浙江、台湾三省军民政务。剩下的五大地方总督中，直隶总督因为负责京畿（京津两市）重地，又兼辖今河北大部和河南、山东的小部分，辖区范围比较庞杂。其他四大总督，除了四川总督，全部统辖两个省。

因此，四川总督是唯一一个专领一省之军政事务的封疆大吏，那么为什么要单独设立一个四川总督呢？

事实上，四川总督这官衔成为正式也是经历了一波三折。顺治元年（1644年），清朝入关后平定四川张献忠建立的大西国，在阆中设立四川巡抚，总领四川军政事务。顺治十四年（1653年），废四川巡抚，改由陕西总督孟乔芳兼督四川，因为当时四川省的兵马钱粮全从陕西调发。

顺治十四年（1657年）始置四川总督，陕西总督不再兼辖。康熙七年（1668年）改四川总督为川湖总督，驻地从成都迁往荆州，统领四川、湖南、湖北三省军政事务。康熙十三年（1674年），川湖总督分置一人于成都，专辖四川事务。康熙十九（1680年）四川政务又权归陕甘总督，湖北湖南两省改为湖广总督署理。雍正九年（1731年）复在成都设立四川总督。

在清朝前期，由于四川早年久历战乱，民生凋零，始有“湖广填四川”，人口得到增长，然而四川经济恢复依然有赖于邻省，其重要性并不明显，所以并没有得到清廷的重视，因此四川总督之官职时废时立，地位远不如同时期的陕甘总督、湖广总督。

乾隆十二年（1747年）在四川爆发了大小金川之乱，清朝以三万人分两路进讨，但久而无功，迟迟不能平叛，川陕总督张广泗因讨逆不力被清廷处死，改由岳钟琪为总兵督军平叛，经三年战争方初告平息。但是大小金川之乱并没有得到彻底解决，此后清朝又多次向金川派兵，直到1776年初才彻底平定叛乱。这个偏居川西一隅、仅有弹丸之地、数万人口的大小金川，却使清朝先后投入了近60万人、7000万帑币，死伤数万人的代价。

四川境内少数民族众多，像金川这样的部落首领就是通过明清更迭之际乘机脱离中原王朝的统治而形成割据势力，而这样的割据势力又大量存在于川西、川北等偏远地区，这对于四川的长久统治是巨大的隐患。因此，自大小金川之乱后，四川总督得以被定为专缺，兼管巡抚事，成为清朝九位最高级的封疆大吏之一。