清军攻入云南之后，洪承畴被调回北京。这位曾经统筹湖广、广东、广西、云南、贵州等地军务、粮饷的降清将领，就此结束了他辉煌而复杂的生涯。在他离开的历史舞台上，迎来了另一位投降将领——吴三桂。 事实上，吴三桂在清政府中的职位远低于洪承畴，并非因为他能力不足，而是他是所有投降的明朝将领中唯一拥有自己军队的人。清政府始终心存戒备，直到他与李国翰一同入川，剿灭张献忠，屠杀了大量反清复明人士后，才逐渐获得更多信任。

顺治元年（1644年），山海关大战中，吴三桂与清军联手击败了李自成的农民军。清军占领北京后，他被封为平西王。顺治八年（1651年），多尔衮派皇太极的大儿子豪格为帅，率领吴三桂与李国翰入川平定张献忠，吴三桂在此过程中成功杀死张献忠，而李定国则逃脱，继续在南明政权中发挥作用。 顺治十五年（1658年），洪承畴对南明政权永历皇帝朱由榔发起总攻，兵分三路。吴三桂从四川重庆出发，进攻桐梓、遵义。李国翰在进攻途中于遵义军中去世，清政府遂全面放手重用吴三桂。

当年入川平定张献忠时，逃脱的李定国在永历的南明政权中充分施展才干。面对洪承畴的进攻，永历任命李定国为招讨大元帅，他派骁勇善战的白文选守住七星关，抵御吴三桂北路大军的进攻。吴三桂见西边有防守，便改道水西苗乌撒土司地盘，绕道进入云南。李定国急忙回到昆明，保护永历退守永昌，最终吴三桂轻松占领云南。清政府深知云南战略地位的重要性，决定在此长期镇守。 此时，多尔衮已去世，鳌拜为四大辅政大臣之一，在他与洪承畴的保荐下，吴三桂顺理成章地成为镇守云南的不二人选，开藩设府，总管军民事务。

顺治十八年（1661年），吴三桂率兵进入缅甸，逼迫缅甸王交出永历皇帝朱由榔，并将其带回云南处决。然而，这一年他并未获得封赏，因为宫中发生了更为重要的事件——顺治皇帝出家。康熙元年（1662年），因擒杀永历之功，吴三桂被晋封为开国和硕亲王，这一爵位在清朝宗室之外极为罕见。 吴三桂镇守云南期间，几乎成了当地的土皇帝。他不仅统辖云南，还兼管贵州，云贵地区的大小官吏均由他任免，税收尽归他管，清政府甚至不查账务。在云贵，他可以流通自铸的铜钱、银钱，各省每年还需向他输送协饷，金额超过两千万两。他不仅能任命当地官吏，还可优先保举其他省份官员，权力之大可见一斑。

吴三桂在云南的住所豪华至极，曾是永历遗留下的五华山宫殿，他还霸占了沐王府遗留的七万亩庄园。财富极盛、权势滔天，甚至连女人都是每日更换，但他最宠爱的是各式观音像，此时的陈圆圆早已年老出家为尼。 清政府为何容忍吴三桂如此权势？其实不是容忍，而是纵容。此时康熙年幼，洪承畴撑腰，鳌拜护航，谁敢招惹这位云南之主？

清朝虽然是关外少数民族建立的王朝，但入关以来一直保留明朝的统治结构，某种程度上延续了明制。吴三桂不同于沐英那般谨慎，也不具备忠心，他只是清政府稳固云贵的一枚棋子。当百姓慢慢接受新政权，他的价值也随之消退。藩王权势对政权统一不利，削藩不可避免。可惜吴三桂权力过大而不知收敛，而康熙年幼尚稚，或许等十年八年、吴三桂自然去世后，百姓便可告别那段动荡岁月。