成化二十三年（1487）八月，明宪宗朱见深驾崩，享年四十一岁。回首他二十余年的在位岁月，虽风波不断，麻烦事也不少，但解决的问题同样不容小觑。综合来看，宪宗在治国上的成绩，实际上丝毫不逊色于他的祖父明宣宗朱瞻基。《明史》中评价道：仁、宣之治于斯复见，足以证明宪宗的施政成就，堪与仁宣之治相媲美。

然而，如同宣德后期一样，宪宗在成化晚期的一些失当之举，也为后世留下了潜在隐患。最为显眼的，就是他对万贵妃的专宠，使得后宫中权力失衡；他宠信宦官汪直、梁芳，导致西厂横行霸道，权力滥用；再加上他沉迷炼丹修道，纵容术士李孜省干预朝政，诸如此类的小问题暂且不提。最关键的，却是宪宗的歇班怠工。

明宪宗自幼患有口吃，说话不便，晚年为了避免在大臣面前出丑，很少亲自主持朝会。皇帝不上班，国家机器自然难以正常运转。宪宗的解决方法，是采取垂拱而治，也就是主动放权，把绝大部分政务和军务交由内阁及六部官员处理，监督百官的责任则交给厂卫，而他自己只处理重大国事。从理论上讲，这种做法若用人得当，确实可以激发士大夫的积极性，有利于国家发展。可惜事与愿违，成化后期的行政效率极低，朝廷几乎陷入瘫痪。

当时内阁的三位大学士万安、刘珝、刘吉，不仅能力不足，还懒散无为，被讥为纸糊三阁老。六部尚书尹旻、殷谦等人也是整天茶来饭去，毫无作为，被百姓讥为泥塑六尚书。至于厂卫督公汪直与梁芳，一个专注坑人和打仗，一个专注捞钱，对百官则监而不督。上梁不正下梁歪，朝廷下层官员自然也难以有作为。

据《万历野获编》记载，成化中后期的朝廷运转之荒诞可笑：皇帝下达命令后，各级官员互相推诿、踢皮球，最终事务无一落实。每当宪宗追问进展，三位大学士只会跪地叩头呼万岁，活脱脱三个大混子。宪宗因口吃，赐对稀少。一日召阁臣万眉州、刘博野、刘寿光入宫询问时政，几人竟无法置对，只得跪地喊万岁，因此有了万岁相公的笑谈。与此同时，万安与刘珝为争夺首辅之位暗斗昏天，最终刘珝失势出阁，万安成为首辅，并引入尹直入阁，内阁中枢长期不务正业，造成严重后果。

据当时吏部侍郎杨守随所言，看似繁荣的大明，实则人浮于事，行政效率低下。低效带来的直接结果，是土地兼并加剧、人口流失、国库空虚、百姓困苦。一旦遇上天灾人祸，统治危机必然来临。宪宗虽未能改革，但新君登基，总有机会挽回。

宪宗驾崩的同年九月，太子朱祐樘继位，改元弘治，是为明孝宗。孝宗初登基，为彰显新朝气象，首先清理宦官梁芳、外贵妃弟弟万喜，以及术士李孜省，将他们流放或抄家、处死。面对大臣上书要求满门抄斩万家，孝宗以一句话定调：此事到此为止。他既平息百官不满，也维护父亲朱见深的明君形象。

整顿内廷后，孝宗又着手改善行政效率，每日必到早朝，并重开午朝，增加内阁处理政务的机会，还开设宫中经筵侍讲，向群臣请教治国之道。尽管幼年生活坎坷，身体羸弱，孝宗仍以勤政弥补先天不足。李东阳曾称，自天顺以来，皇帝召见大臣只是问一两句话，而孝宗则反复询问、详尽讨论，前所未有。

然而，即便孝宗努力，内阁首辅万安依旧混日子，无视皇帝敲打。十月，他在清理宪宗遗物时发现一本小黄书，署名进献者竟是万安，孝宗大怒，令司礼监太监怀恩训斥。万安当场磕头认罪，却不主动辞官。孝宗遂在朝会上当众宣读弹劾奏折，最终万安被罢官，尹直随后也辞职。看到万安落马，刘吉立刻转变态度，开始直言进谏。孝宗认为刘吉可用，遂留任并升首辅。

孝宗还大力提拔能臣，如吏部尚书王恕、兵部尚书马文升。王恕整顿文官，弘治元年即令百余名不合格官员致仕；马文升整顿武官，三十余名不胜任的武官遭罢免。通过两人整顿，内阁六部到地方，大批庸懒官员被清理，才俊良臣被提拔。

为了提高效率与节约开支，孝宗制定两项硬性规定：普通奏章复奏不超过两天，多部门事务不超过十天，重大事务不超过十五天；宪宗时代的奢侈活动和寺庙道观修建项目一律停办，宫廷日常开支能省则省。此举及时有效，确保国家面对天灾人祸不至于瘫痪。

正值天灾频仍之际，孝宗亲力亲为调度水利工程。黄河决口、运河中断，江南河患频发，他调动六十余万民夫，历经三年治理，黄河下游百余年未再发生大规模洪灾，苏州河水患亦得到解决。在洪灾治理过程中，他还能维持财政稳定，无引发民变，彰显弘治时期政治稳定。

在减免赋税方面，孝宗积极落实朱元璋开创的减免政策，弘治十八年，总计免税达15488万石，远超成化朝和正德朝，体现轻徭薄赋的善政。然而，孝宗后期体弱多病，渐有不得人心之举，如重用宦官、沉迷斋醮、纵容外戚张氏为害、京营占役泛滥，导致京师官军丧失战斗力。

特别是对张皇后宠幸过度，厚赏张家，甚至为修老丈人坟墓调集数万兵马，规模远超常制，造成民怨。张家兄弟更在京城肆意妄为，李梦阳直言弹劾，却因孝宗顾及张皇后被迫暂时收手。孝宗出于童年孤独缺乏安全感，对张皇后依恋，因而一次又一次容忍甚至破坏法度。

尽管如此，孝宗仍努力治理国家，整顿吏治、兴修水利、减免赋税，彰显仁政。可惜健康不支，弘治十八年五月，因大旱感染风寒误服药物而驾崩，享年三十六岁。回顾其十八年统治，前八年勤政，力求安民；中八年逐渐懈怠；末两年反思补救，然终未及完善。虽成绩与成化时期略逊一筹，但孝宗以宽厚待人、勤政爱民的形象，仍赢得史书中出奇的好评，达到了他未必应得的高度。