驻藏大臣与回疆事务参赞大臣在当时为何具有可比性？他们在各自辖区内的权力与地位又有何不同？从表面上看，两者都有着诸多相似之处：他们都是清朝政府在地方设立的重要军政官员，手中掌握着调动军队的权力，无论是日常事务还是紧急调度都在其权限之内，同时也肩负处理宗教事务的职责。无论驻扎于何处，都有固定任期，拥有稽查藩属、考察官吏、组织年班与朝觐以及专折奏事的权力，这让他们在行政、军事、宗教三方面均具有一定的统辖地位。

然而，两者之间也存在明显差异，尤其在办事权限上更为突出。回疆事务参赞大臣兼副都统衔者，官阶为正二品，与内地行省总督品秩相当。初期，他们主要负责军事事务，兼顾部分民政。直到1765年乌什变乱后，参赞大臣才真正具备全面事务处理权，但仍受到伊犁将军的节制与监督。在遇到重大事件时，参赞大臣必须与伊犁将军会商，由将军负责监察参赞大臣的各项工作。由于各城参赞大臣和办事大臣都拥有专折奏事的权力，即便公文传递，仍可能出现拖延推诿的情况，因此紧急事务时常各自为政。加之原本兼任副都统的制度，也在一定程度上削弱了参赞大臣对下属办事大臣的统辖权。回疆各城的日常事务多由伯克负责，参赞大臣进行监督。平定回部之后，朝廷常派遣有过失的官员前往以赎罪，并在任期结束后多授予副都统衔。

驻藏大臣的情况则有所不同。兼副都统衔的驻藏大臣官阶同样为正二品，但在设置之初就以统管全藏事务为目标。1727年至1751年间，他们主要执行中央下达的大事，1751年之后才逐渐参与宗教事务管理，并具备一定的自主决策权。然而，噶伦或摄政对宗教权力的侵入，使得驻藏大臣名义上权力虽大，实际上受制颇多，直到1793年才真正掌握全藏的政治、经济、军事与宗教事务。在赴任前，多数驻藏大臣也会被授予副都统衔，以彰显其权威。

在决策体制上，回疆实行三级管理体系：伯克负责日常管理，办事大臣监督，回疆事务参赞大臣与伊犁将军作最终决策；而西藏地方则实行二级决策机制，由噶伦与驻藏大臣及宗教主管共同决定事务。统辖范围也存在差异：回疆事务参赞大臣是天山南路的最高军政长官，总管喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车和喀喇沙尔八城事务。天山北路则由塔尔巴哈台将军和伊犁参赞大臣负责，东路乌鲁木齐地区由乌鲁木齐都统统理。虽然伊犁将军统辖整个新疆，但侧重军事事务；驻藏大臣则从设立之初便总管前后藏的军政事务，其军事防御中心随着准噶尔蒙古的覆灭才逐步向南北迁移。

可以看出，由于北部准噶尔部的侵入对和硕特蒙古及西藏本地统治构成威胁，驻藏大臣的军事职能被不断强化，尤其在颇罗鼐时期形成特殊权力交接阶段。由此，新疆的军府制中军政兼备的参赞大臣体制，成为西藏驻藏大臣体制的重要参考模式。

噶伦制与伯克制在任免、薪俸及权力行使上也存在异同。伯克兼具地方长官与地主身份，类似于西藏噶厦中的噶伦，噶伦既是官员，又是地方领主。相似之处在于，噶伦与阿奇木伯克均为三品官员，封有爵位，并拥有世袭领地及差人——噶伦拥有农奴，伯克掌管种地人。

不同之处在于，首先从官职任免看，三至五品伯克需由本城大臣报请喀什噶尔参赞大臣复核后奏请皇帝任用，其余则由参赞大臣咨部补放；噶伦需经宗教主管与驻藏大臣共同审议，再奏请皇帝批准。其次在薪俸上，伯克除俸禄外，还享有按品级规定的养廉地与养廉银，而噶伦仅靠商上赐予糌粑、酥油，且无固定数量，其官田虽原属家族世袭，新任官员仍需另行拨给，《藏内善后章程二十九条》规定噶伦公产不得世袭。第三在职权上，伯克可管理各领域事务，尤其是阿奇木伯克统管一城日常事务；噶伦只能处理日常行政，决议受译仓制衡，僧侣与寺院事务难以干预。第四在回避措施上，大伯克需回避本城，小伯克需回避本庄，各级伯克不可担任宗教职务，实行汉回隔离政策；噶伦若未舞弊或贿赂，均可任用，但实际上多被贵族势力垄断，且按照三俗一僧原则进行分配，喇嘛噶伦居首，维持政教混合平衡。 由此可见，在地广人稀、政教事务交错的环境下，回疆伯克制是清廷为适应城镇为中心的区域联防而设的特殊策略；噶伦制及噶厦完善，则是以卫藏为中心的驻藏大臣辅助体制。西藏驻藏大臣权力体系在乾隆后期出现噶伦及摄政擅权现象，既与西藏长期的政教结合传统和现实情况有关，也与清廷借鉴新疆军府制中参赞大臣、办事大臣对伯克的间接统治模式密切相关。 值得注意的是，伯克一词的词源涉及古突厥语、蒙古语、阿拉伯语、波斯语及汉语等多种语言混合至今难以确切界定。尽管伯克制度出现较早，但清中后期对其改造效果公认显著。苗普生认为，清朝前的伯克制度在维吾尔地区的形成主要受阿拉伯、波斯及蒙古草原影响。伯克制度经过14至16世纪的发展，到赛依德王朝（叶尔羌汗国初代汗统治时期，1514-1533）基本形成，17世纪初臻于完善，其根源在于蒙古贵族及其后裔在新疆的统治传播。至清代乾隆年间，内地官制及八旗驻防体系对伯克制进行了改造，如世袭改为朝廷任命的流官、实施回避制度及屯田制，使其成为清代地方管理体系中的一环，至此已成为不争的历史事实。