公元十四世纪到十六世纪的二百多年，是大明王朝从建立、巩固到逐渐僵化的关键时期。在这段岁月里，以日本浪人为基础的倭寇势力如同附骨之蛆，频繁侵扰沿海地区，给百姓带来了深重灾祸，掀起了一阵阵腥风血雨。

随着明王朝对沿海安全日益重视，东南沿海逐步形成了以胡宗宪为主政核心，俞大猷、戚继光统领的稳固防御格局。经过针对性训练的野战军加入剿灭倭寇的行动，多年的艰苦奋战，终于使倭寇势力遭到沉重打击，社会秩序得以恢复。

可以说，倭寇在明朝晚期虽未彻底绝迹，但已成零星事件，如同疥癣之患。至明亡清兴之际，倭寇之乱已经不再成为清朝皇帝案头的重要事务。

在一般认知中，倭寇之乱常被认为出现在明朝中晚期的嘉靖年间，抗倭名将戚继光因此名留史册。然而，早在十三世纪初，即明朝尚未建立时，史料中就已出现倭寇一词。当时的倭寇以侵扰朝鲜半岛为主，尚未形成大规模行动。

到了十四世纪中期，元明更替，中华大地连年战乱，沿海管控不力。一些有组织的倭寇打着反抗元朝压迫的旗号，频频袭扰沿海，这可谓倭寇首次作乱中国之始。洪武帝建立大明王朝后，从内外两方面着手解决倭寇问题：对内施行严格海防政策，阻断海上入侵通道；对外与日本主政者交涉，切断倭寇补给源头。此时的日本正处室町幕府统治下，征夷大将军足利义满还算配合朝贡和交涉，因此倭寇袭扰规模有所减弱，不再造成重大影响。

然而，室町幕府中晚期，征夷大将军势力衰落，日本各地大名纷争，村镇级诸侯趁机崛起，掀开了战国时代的帷幕。连年战乱导致大量诸侯失去根据地，其下武士沦为浪人。这些浪人为生计奔波，在海上过起刀口舔血的生活，成为新一代倭寇的原始班底。与此同时，大明王朝已立国百六十年，官僚集团与民争利现象严重，沿海有实力的商人也开始组织武装，以徐海、汪直为代表的集团大量招募日本浪人，形成长期骚扰东南沿海的倭寇势力，这就是中学历史课本记载的倭寇之乱雏形。

需要强调的是，这一时期的倭寇主体实际上是东南沿海的中国海盗集团，日本浪人更多只是壮胆先锋。七成以上的倭寇都是中国人，仅有少量日本浪人参与。

到了嘉靖年间，明朝由嘉靖皇帝主政，这一时期可谓历史精彩纷呈。严嵩、徐玠、张居正、胡宗宪、俞大猷、戚继光等都是风云人物。东南沿海由直浙总督胡宗宪负责战略规划，文徵明等文人参与策略制定，俞大猷、戚继光、卢镗负责战术执行，形成强大的抗倭集团。

在此之前，抗倭行动零散，由各州府县的地方军承担，战力有限，南京遭倭寇侵扰便深深触动了明王朝统治者，中央军队遂参与抗倭。至此，抗倭战争大局已定，诱擒汪直、鸳鸯阵破敌等皆属战术层面问题。经过几番鏖战，日本浪人基本班底损失殆尽，中国籍海盗头目或死或降，非官方的倭寇之乱基本平息，东南沿海迎来近三十年的安宁。值得一提的是，抗倭首脑胡宗宪晚年卷入严嵩案，死于狱中；年轻时到少林寺踢馆的俞大猷被弹劾免职，老死家中；戚继光调往北境对抗蒙古，晚年免职家死。 十六世纪末，日本政局经过织田信长、丰臣秀吉两代枭雄整顿渐趋统一，对外扩张的步伐随之开启。1592年，万历三大征之一的抗日援朝战争爆发，东南沿海再受倭寇骚扰。这一次的倭寇具有官方性质，由丰臣秀吉指派日本南部诸藩的小股部队潜入沿海，目的是牵制明朝注意力，配合主力在朝鲜作战。但由于日本军队在朝鲜战场败绩频现，牵制部队规模不断缩小，最终终止行动。 在明朝史料中，这轮倭寇未显特殊之处，官方几乎未觉察其背景；在日本史料中也仅零星记载，可见其影响微不足道。明朝关于倭寇的最后记载出现在1624年，当时明朝在东北与后金军队激战；二十年后，后金入主中原，建立清朝。此时德川家康统治江户幕府四十年，五度颁布锁国令，切断日本人出海渠道，使倭寇失去生存基础，清朝史料中罕见倭寇记录。 所以，清朝没有倭寇，并非因为清朝比明朝更强，而是因为倭寇在明末已失去存在根基，自然消亡。直至二百五十年后，又有官方性质的倭寇出现，给中华民族带来五十年的痛苦回忆。