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秦桧一死，君臣之间的矛盾终于有了解决的契机。高宗开始尝试收回失去的权力，意图改变秦桧专国时期的政治格局。在秦桧的统治下，许多地方官员若有事务需向朝廷报告，往往只需向尚书省取指挥，并不直接上奏高宗，甚至有意封锁重要信息。一次，高宗与参知政事董德元、魏良臣、签书枢密院事汤思退交谈时，愤怒地说道：这正是大臣所为，秦桧只是不愿让我知晓天下大事！此言一出，高宗心中已决，必定要全面掌控朝政，开始更化庶政。可这所谓的更化到底意味着什么呢？不过是试图收回旁落的权力，依旧坚持秦桧当年推行的基本国策。

秦桧死后的第二天，高宗便对执政大臣们说：秦桧支持和议，带来天下的安宁，国家中兴至此，许多废弃之物得以恢复，实在是他辅佐有功。不久后，高宗又对魏良臣、沈该、汤思退等人说道：两国和议，秦桧在其中主导的作用甚为重要，你们皆为重要参与者。如今，大家应心意统一，休兵息民，务必坚守这一政策，确保宗社万世之安。在这种思维的引领下，秦桧的党羽不仅未被彻底清除，甚至在选拔官员、平冤抑冤等方面，依然面临许多束缚与限制。

高宗亲政的首要任务，就是任命新一任宰相与执政大臣。他既然要坚持与金国议和的方针，自然不可能轻易打击那些在秦桧时期被排挤的人士。于是，秦桧死后，留下了董德元与汤思退两位执政官。高宗先是罢去董德元，留下汤思退，并迅速提升其职务为参知政事。汤思退虽然深得秦桧宠信，然而高宗误以为他并非桧党，很快便将其重用，殊不知汤思退其实与秦桧深交甚久，只不过比董德元更加圆滑、狡诈罢了。汤思退迅速升任为右仆射，再后来又成为左仆射。另一位重要人物魏良臣，在秦桧当权时因其屡次参与与金的和谈，而遭到秦桧的不满，屡次被贬职。秦桧死后，魏良臣因为非桧党的身份得以复职，最终升为参知政事。再比如沈该，绍兴八年，他因贪污罪而被秦桧重用，之后不断升职，直到被高宗重用为参知政事。

有趣的是，即便是在秦桧死后，许多曾是其亲信的人仍旧活跃在朝堂上。万俟卨就是一个典型，他在秦桧当政时曾是最忠实的支持者，因内讧被秦桧逐出。但在秦桧死后，他以被秦桧迫害的身份博得高宗的信任，重新回到权力的中心，最终升任为参知政事。类似的情况也发生在许多原本被秦桧打压的士大夫身上，他们依旧在高宗手下担任重要职务。可见，高宗的所谓更化并没有彻底改变朝政的格局，反而是在秦桧死后的政治生态中继续延续了许多原有的体系。

与此同时，高宗试图更换台谏，打击秦桧的势力。台谏官员长期以来都是秦桧的支持者，他们盯着秦桧的眼色行事，许多案件也因此不公。高宗对此进行了严厉的指责，并声称要改变这一现象。然而，他所选用的台谏官员，也并非都是什么端方廉洁之士。汤鹏举就是一个例子，本来他是秦桧父子的人马，但很快便转向攻击秦桧的亲信，结果他所领导的台谏工作，在高宗的意图下，迅速成为清除秦桧党羽的工具。但实际上，这些行动并非汤鹏举的个人主张，而是完全受到高宗的操控。甚至秦熺，作为秦桧的亲信，也因为不满汤鹏举的攻击，拿出了当年汤鹏举向秦桧效忠的信件，企图以此来阻止对秦桧党羽的清算。最终，汤鹏举的台谏还是未能成功改变高宗亲政的政治格局。

在高宗试图进行政治清算的过程中，平反冤屈，尤其是恢复那些被秦桧打压的士大夫的案件，也成为了一个重要的议题。尽管高宗似乎有所意图，然而实际操作上却遭遇了许多阻力。对于那些因得罪秦桧而受到迫害的案件，平反工作进行得较快，但对于一些主战派人物的案件，则始终未能彻底平反，甚至有一些案件在高宗在位期间，始终未能得到正义的伸张。

像岳飞这样的冤案，便是一个典型的禁区。有人建议恢复岳飞的名誉，并恢复其旧职，但这一提议却遭到了反对。即便是在高宗亲政期间，也无法改变秦桧遗留的政治格局，岳飞的冤屈最终未能得到平反。直到孝宗继位后，这一问题才得到了纠正，岳飞的冤屈才得以平反。 而为什么在这种情况下，高宗却依然无法采用主战派的力量呢？当时金国的内部矛盾日益尖锐，金主完颜亮在弑主自立后，急于通过南侵来缓解内部压力。张浚等人深知金国在多方面的失败，但主和派却始终不愿倾听主战派的呼声。在金人逐渐加紧南侵的压力下，张浚的上疏无论如何都未能引起足够重视。即使金人逐渐表现出进攻的迹象，主和派依然掌握着话语权，错失了备战的最佳时机。 随着金国南侵的步伐愈发紧迫，南宋朝廷依旧未能及时展开有效的军事部署。金国的突然入侵，最终让南宋军队在防务薄弱、准备不足的情况下陷入了被动，最终在战场上节节败退。 秦桧的政治遗毒，不仅仅影响了高宗一朝，甚至延续到了孝宗时期。虽然孝宗初期抱有收复中原的大志，但却受到许多来自秦桧时代政治格局的阻碍。秦桧时期所培养的官员，始终在朝中占据重要位置，使得孝宗难以实现自己的雄心壮志。