《旧唐书·列传·卷十八》中有这样一段描述，称秦琼在战场上英勇表现，跃马负枪，冲入敌阵，必定是要斩敌于万众之中，令人心生敬畏。太宗李世民因此更加器重他，而秦琼也因这段经历，逐渐形成了自矜自豪的个性。

然而，在唐太宗设立凌烟阁二十四功臣时，秦琼却排在了末位，处于卢国公程咬金和鄂国公尉迟恭之后。对于这个位置的安排，许多人推测，可能是因为秦琼未参与玄武门之变。确实，在历史记载中，秦琼似乎并没有出现在这一事件中。那么，秦琼当时究竟在做什么？他的缺席，是出于什么原因？

在玄武门之变发生时，李世民身边有一批猛将，包括尉迟恭、程咬金、侯君集、屈突通、张士贵等人，个个英勇无敌，足以力敌千军。李建成和李元吉欲急速进入宫中，却因过于仓促，仅有两骑马匹，陷入了秦王李世民的重重包围之中。天色刚刚破晓时，李建成和李元吉进了玄武门，却才意识到自己已被困。李元吉准备搭弓射击李世民，可惜没有射中。李世民趁机射出一箭，射杀了李建成。李元吉惊慌逃走，被尉迟恭追上，并用弓箭勒死。李建成和李元吉的死，令李世民松了一口气，认定天下已掌控在自己手中。

从这些记载来看，确实没有看到秦琼的身影。那么，秦琼就真的没有参与玄武门之变吗？有一种观点认为，虽然秦琼是李世民的部将，但在这场父子储位之争中，他保持了中立的立场。秦琼一直受到李渊的极高宠信，比如在美良川之战后，李渊亲自授予秦琼金瓶，这是李唐将领中唯一的殊荣。李渊平定天下后，更是加封秦琼为上柱国，位居李唐将士之首。许多人分析，秦琼深感李渊的厚爱，因此不忍违背，不愿参与背叛和谋害李渊的儿子们。在这种情况下，秦琼选择了保持中立，似乎成了历史的共识。

但实际上，秦琼此时的身份，已经决定了他不得不站在李世民一方。他已经担任了秦王府的右三统军，可以说，秦琼与李世民的命运紧密相连，不容分割。虽然在玄武门之变时未曾亲自出场，但并不代表他没有参与其中，而是因为他被另有重要任务。

李建成和李元吉死讯传到太子府后，薛万彻迅速组织太子府兵前去救援，试图解救李建成。薛万彻是隋唐时期的著名猛将，曾随罗艺征战南北，立下赫赫战功。之后，他投身李建成麾下，为其效力。李建成被困玄武门的消息传回太子府后，薛万彻带领宫中兵马，急速赶往玄武门，企图反扑。史书中有这样一段记载：建成被诛，万彻率宫兵战于玄武门，鼓噪欲入秦府，将士大惧。薛万彻不仅派兵攻打玄武门，同时也派兵攻打秦王府。

面对薛万彻的猛攻，程咬金和尉迟恭都无法与之抗衡，于是，他们派出秦琼，带领秦王府的精锐部队迎战。秦琼率领天策府的将士，与薛万彻展开激烈的战斗，最终成功抵挡了薛万彻的进攻。薛万彻此时仍以为李建成尚存，认为只要能够救出太子，局势就能得到扭转。李世民命令尉迟恭将李建成和李元吉的首级斩下，展示给薛万彻看。看到太子已死，太子府的兵士顿时心态崩溃，军心大乱，薛万彻只得率部败退。

《旧唐书》中关于长孙顺德的记载中提到：武德九年，与秦叔宝等讨建成余党于玄武门。这一记载无疑是秦琼参与玄武门之变的有力证明。秦琼不仅参与了玄武门之变，而且立下了赫赫战功。与程咬金和尉迟恭等人不同，秦琼面对的是经验丰富的薛万彻以及训练有素的太子府兵。在这场血战中，秦琼勇猛拼杀，浴血奋战，最终成为了唐朝立国的重要功臣。 几个月后，李渊将李世民立为太子，继而将国家的军政大事交给了他。不久之后，李渊禅位于李世民，历史正式进入了唐太宗时期。唐太宗登基后，立刻开始论功行赏。秦琼被封为左武卫大将军，而尉迟恭则被封为右武卫大将军，位列秦琼之下。此后，秦琼虽然在凌烟阁二十四功臣中位居末位，但并非因为他未参与玄武门之变，而是因为他英年早逝。贞观十二年，秦琼因战伤复发，因病去世。由于健康原因，秦琼的后半生几乎都在休养中度过，没有再参与战争。而程咬金和尉迟恭则继续为国家效力，程咬金跟随李世民征讨高句丽，尉迟恭则镇守边疆，抵御突厥。 最终，秦琼虽然位列凌烟阁二十四功臣之末，但这一荣誉无疑是李世民的恩赐。如果秦琼未参加玄武门之变，他不可能位列其中。李世民深知秦琼在唐朝建立以及玄武门之变中的贡献，才最终将他列入了凌烟阁。