从1644年下旬，福王朱由崧在南京自立为帝，到1662年，永历皇帝朱由榔在昆明被吴三桂所杀，南明政权的存在时间仅为十八年。即使加上在台湾苟延残喘的明朝郑氏政权（1662-1683），也仅仅存在了三十九年。与东晋至南朝（约250年）和南宋（约152年）长达数百年的统治相比，南明的存在可以说极为短暂。那么，明明实力远超东晋南朝与南宋，南明王朝为何仅仅存在三十九年就土崩瓦解呢？

南明王朝的灭亡，并不是因为清军战斗力的强大，而是由多个复杂因素导致的。可以从以下三点来分析：

一、明朝精锐部队军阀化，普通部队战斗力退化严重。 很多人认为，明朝末期的军队战斗力差，已腐朽不堪。虽然明朝军队的确有腐化的现象，但是否战斗力差，还需要辩证看待。从万历、天启、崇祯年间的辽东战场，到清军入关后与南明军队的对抗，实际上仍然有不少强悍的军队存在。例如弘光政权的江北四镇，实力相当强大。但是，从崇祯年间开始，文官与武官的矛盾日益加剧。明朝重文轻武，许多掌握大权的文官开始压制有能力的武将。随着战斗的不断延续，一些品行不端的武将逐渐发展成军阀，掌控着一支支强大的军队，如辽东的吴三桂、、高杰等。这些军阀的部队战斗力仍然不容小觑。比如1648年，左良玉部的金声桓和王得仁（原大顺军）部，在南昌抵抗清军围攻时，尽管人数处于劣势，依然顽强抵抗了近八个月，杀伤了大量敌军。然而，这些军阀最终因利益驱使，在清军压力下纷纷倒戈，导致南明的战力快速瓦解。比如1645年，清军进攻南明弘光朝廷时，接收了近20万明朝官军的投降，这些原本为南明效力的军队，在改变身份后成为了消灭南明的主力。与此同时，地方普通部队的战斗力早已丧失，面对清军时毫无抵抗能力。

二、文臣弄权，只知争权夺利。 在整个南明王朝的历史中，文臣之间的权力斗争从未停止。尽管清军入关，南明政权不断崩溃，但一些地方的官员依旧沉迷于争权夺利。例如，曾经的乱贼大西军余部和大顺军，曾计划加入抗清阵营，但许多官员却对他们心存敌意，甚至想要吞并或消灭他们。1645年，高杰被许定国刺杀后，史可法进入高杰的部队以稳定军心。高杰的遗孀提出让儿子认史可法为义父来笼络部队，却遭到史可法的拒绝，因为高杰曾被视作流贼。在孙可望联合明朝抗清时，明朝的官员们仍然在大西军众将的封号问题上争执不休，孙可望希望永历朝廷册封自己为秦王，明朝官员却坚决反对，整个争论持续了一年。与此同时，尽管大西军和大顺军的余部与忠诚于明朝的官军拼死与清军抗争，但许多文官却在生死报君王之后，选择剃发投降，进入清朝的统治区，享受着安逸生活，并在自家院子里批评起曾经的流贼。

三、南明朝廷四分五裂，相互攻伐，无法形成强大的合力抵抗清朝。 南明王朝经历了四位皇帝（弘光、隆武、绍武、永历）和一位监国亲王（鲁王朱以海）。这些政权有的互为继承关系，有的却是并存的对立政权。例如，隆武政权（福州）与鲁王监国政权（浙江绍兴）曾经多次发生冲突，甚至互相杀害使者。而绍武政权与永历政权的对立也充满了血腥冲突。绍武政权的主将林察，曾通过亲戚关系将永历军队主将林佳鼎引入伏击圈，发动猛攻，导致林佳鼎阵亡，永历军队几乎全军覆没。随着永历政权逐渐衰弱，孙可望与李定国爆发大战，最终孙可望叛投清朝，接着清军大举进攻，最终在三年内摧毁了永历政权。

所以，可以说，南明的灭亡，并不是因为清朝强大，也不是因为李自成、张献忠等人作乱，而是大明的文武官员们自我摧毁了大明政权。