为了与桂太郎领导的藩阀专制内阁形成鲜明对比，山本权兵卫的新内阁与当时日本最大的政党政友会密切合作。这种合作主要体现在组建内阁时的安排上。除了松田正久、原敬、元田肇等政友会成员外，山本首相还承诺，除了陆相（木越安纲）、海相（斋藤实）和外相之外，其他内阁大臣将统一加入政友会，成为其成员。正是在这样的背景下，大藏大臣高桥是清、农商务大臣山本达雄和文部大臣奥田义人等专业官员加入了政友会。随着人事安排的完成，山本内阁于1913年2月20日正式成立。然而，在内阁成立当天，东京神田区山崎町发生了大火，几乎摧毁了包括东京外国语学校、顺天中学校、东京中学校、大成中学校、法英日女学校、女子音乐学校及东洋学院等在内的2598座房屋。这场灾难为新上任的山本内阁蒙上了一层阴影。

尽管山本内阁依赖政友会合作，但这一举措使政友会失去了原本的盟友。首先，尾崎行雄等人脱离了政友会，并成立了政友俱乐部；其次，犬养毅领导的国民党则明确表示：山本内阁的组建与政党内阁的本意相违背，因此我们决定断绝与政友会的合作。由此，山本内阁组建后，国会内的政党势力发生了新的变化。

尽管政友会在内阁中的支持力量有所减弱，失去了对国会的绝对领导地位（政友会188人：其他各党193人），但在政友会的推动下，山本内阁依然采取了一些积极的改革措施，尤其是在行政和财政方面。首先，他们裁撤了一些冗余的官员，合并并废除了部分机构。通过这些改革，官员总数减少了6428人，政府支付的薪水减少了约400万日元，此外，其他项目的节省总额达到了5808万日元。经各项会计核算，最终节省了约7030万日元的开支。其次，山本内阁于1913年修改了《文官任用令》，规定各省的次官、法制局长官以及警视总监等高级文官职位可以由普通民间人士担任，从而降低了部分高级政府职位的任用门槛，并为政党人士进入政府高层提供了更多机会。同时，他们还减少了枢密院的官员人数，抑制了藩阀势力的扩张。此外，新修订的《文官任用令》还规定，内阁的陆海军大臣可以由现役武官以外的预备役或后备役军人担任，从而减轻了军部对内阁的控制。这一决策迅速引发了军方的强烈反对，尤其是宇垣一成（当时为大佐）发布的匿名信，提出了强烈的反对意见。

宇垣一成，来自备前国磐梨郡的一户农民家庭，原名宇垣杢次，是陆军军人，后成为军部统制派的领军人物。他早期参加陆军，1900年以优异成绩从陆军大学毕业，与萨摩藩的川上操六及长州藩的田中义一结为好友，并因此获得了快速晋升。山本内阁的政策要求陆海军大臣职位开放给预备役军人，这让宇垣一成感到愤怒。他在匿名信中表示，这项改变会带来四大严重后果：第一，它会导致军人党派化；第二，有害于军事发展；第三，破坏命令服从关系；第四，削弱统帅权的神圣性。最为关键的是，宇垣认为这会导致政党对军队的过度干预，损害军队的独立性。实际上，陆海军大臣现役武官制本身就意味着军队对内阁事务的干预，而宇垣却没有看到这一点，他的批评实际上反映了军人对大正时期政党势力崛起及其对军队独立性构成威胁的忧虑。最终，宇垣一成被发现是匿名信的作者，虽遭降职处分，但很快又恢复了职务。后来，他在军界的职位逐步上升，直至1923年升为陆军次官。讽刺的是，后来他竟主导了日本历史上第三次大规模裁军。

然而，宇垣一成的反对显然没有能阻止山本内阁的改革。山本内阁很快通过了将陆海军大臣的任职资格从现役武官扩大到预备役和后备役的政策，这一政策仅对原有文件做了细微的改动。然而，陆军内部对此极为反感，尤其是木越安纲（当时为陆军大臣）支持山本首相的改革，最终导致他被转入预备役，并在压力下辞去陆军大臣职务。接任的是更为保守的陆军中将楠濑幸彦。

尽管山本内阁采取了一系列改革措施，这些改革最终赢得了部分民众的支持，许多原本与山本内阁疏远的在野党再次开始接近他。1913年12月26日，国会召开时，政党力量发生了变化。桂太郎创建的同志会人数没有发生太大变化，但桂太郎去世后，同志会陷入了领导混乱。与此相对，尾崎行雄等人从政友会分裂出来组建的政友俱乐部与亦乐会联合成立了中正会，部分原政友俱乐部成员又重新加入了政友会，导致政友会的力量有所恢复。经过这些变化，山本内阁的最大支持政党——政友会重新成为了国会的主导力量。

在这一背景下，山本内阁提出了新的海军预算案，将原先的8400万日元预算再追加7000万日元，总额达到1.54亿日元。与此相对，山本内阁对于陆军的预算要求几乎没有响应，这一决定激怒了陆军，并引发了其他在野党以及贵族院的强烈反感。这些因素使得山本内阁面临着巨大的压力，也为随后的政治危机埋下了伏笔。 1914年，形势急剧恶化。德国西门子公司的一名雇员Karl Richter将一份涉及西门子公司向日本海军军官行贿的秘密文件卖给了路透社，导致了一场震动日本政界的丑闻。该事件曝光后，反对党同志会的议员岛田三郎在国会提出强烈质询，导致这起海军贿赂事件成为社会关注的焦点。随着事态的进一步扩展，海军中高层军官如藤井光五郎少将和泽崎宽猛大佐等人也被卷入其中。事件的持续发酵使得山本内阁提出的海军预算遭到了强烈反对，最终未能通过。随之而来的是山本内阁在1914年3月24日的辞职。 这场丑闻不仅暴露了陆海军之间深刻的矛盾，也使得曾经支持陆军的三井财阀转而与海军站在了一起。此事件的爆发也标志着海军对陆军的一次胜利。