1956年年底，总后勤部的领导班子迎来了重要的调整，此时洪学智毫无悬念地被任命为部长。而邱会作则面临着离开的命运，作为副部长兼副政委的他被周总理和李富春看重，决定将他调往国家经济委员会担任副主任。

在部队服役多年的邱会作，对即将离开这个工作了几十年的单位感到万分不舍。然而，组织上这是出于建设发展的需要做出的决定。他们首先安排邱会作前往苏联进行考察，以拓宽视野。归国后，邱会作深思熟虑，最终表露出自己的真实想法：他不愿意离开深爱的部队。

罗帅作为他的上级，出于对他的欣赏与关怀，力荐他留在军中，认为他在这里的存在更加合适。与此同时，邱会作先后前往中央党校和高等军事学院进修学习，以增强自己的专业素养。

周总理之所以希望邱会作去国经委工作，主要是看中他的年轻与充沛的精力，再加上他在财经事务方面的丰富经验。早在土地革命时期，他便就参与了供给工作的学习，毕业后便走上财政处工作岗位，担任会计和统计员，负责管理全军供给部对于军务实力的统计。这段经历让周总理早早对邱会作有了深刻的了解与认可。

自从1936年红军主力东征后，留在陕北的军委后方留守处中，周总理担任主任，邱会作则被委以重任，协助处理粮食问题。这项工作中，他展现了不凡的才能，取得了显著的成绩。抗战爆发后，他得以被委任为军委供给部部长。

在抗战时期，周副主席负责统一战线的工作，临行前特别嘱咐李富春关注财经事务。李富春对邱会作的能力一向非常欣赏，并给予他相应的指导与支持。之后，很多财经工作上，邱会作都会向李富春请示，并频繁进行交流，两人之间的熟识度不断加深。

无论是在战争年代还是和平时期，财经工作一直都显得尤为重要。1939年，邱会作被派遣至山东，负责财政经济工作，并被要求在两年内完成任务。然而，在前往山东的途中突发了一些意外，导致他无法如期抵达，最终不得不转而前往华中，在彭雪枫的部队工作了一段时间。直到1943年，他才返回延安。

在延安，邱会作入党校学习，随着解放战争的爆发，他再也未参与后勤和财经工作，而是投身于战斗部队，负责政治工作。经过四年多的历练，他逐渐成长为一位高级将领。

1954年，邱会作再次被调回总后勤部工作。当时他对后勤与政治工作的倾向明显，更期待从事政治工作。许多将领都愿意在前线作战，而后勤则仍被不少人视为不愿意接受的角色。

1956年年底，总后勤部再次进行领导班子的调整，邱会作因即将被调离部队而感到困惑与不愿，最终他选择前往党校和高等军事学院进行深造。

出乎所有人意料的是，1959年庐山会议后，邱会作在离开总后勤部两年多后，再次被推荐为部长。对于这一任命，包括邱会作本人在内的众多人都是始料未及的，毕竟在资历与条件上，有不少人例如张令彬、李聚奎等人更符合担任此职的要求。之所以中央选中邱会作，主要是看中其年轻有为以及在总后勤和财政方面的丰富经验。