杭州湾，是中国最适合建设深水港的地区。这里处于中国海岸线的南北交界一带，背靠长三角，区位优势非常优越。杭州湾湾口水深一般在8至9米之间，海底较为平坦，适合停靠大型的货轮，是世界级别的深水港区。中国吞吐量最大的宁波—舟山港，上海的洋山港都位于杭州湾。

舟山群岛是浙江外海的系列岛屿，有海域面积2.08万平方公里、岛礁陆地面积1440平方公里，岛屿1390个，是明敷其实是的“千岛之市”。舟山群岛拥有海岸线2444公里，其中水深15米以上岸线200.7公里，水深20米以上岸线103.7公里，是建设国际深水港口的绝佳位置。然而，就是这样一个区位优势明显的地方却在明朝遭遇了毁灭性的打击。

1368年，朱元璋建立了明朝。最初，朱元璋继承了元朝的贸易政策，设置泉州、明州、广州、黄渡四大市舶司管辖对外贸易。但到了1370年，朱元璋就下令关闭了太仓黄渡市舶司。1374年，朱元璋下令关闭所有的市舶司，海禁政策全面推行。1381年，朱元璋下令“禁濒海民私通海外诸国”。自此，中国开始进入到200年的海禁时代，对外开放的贸易格局一去不复返了。

为了配合海禁政策，朱元璋下令将沿海岛屿的居民内迁，于是乎澎湖巡检司撤销了，南澳岛屿放弃了，而舟山群岛作为中国最大的群岛也在被放弃之列。舟山在唐代就设有翁山县，宋朝设昌国县，元朝设昌国州，明初降为昌国县。为了加强对海禁的执行力度，汤和巡视浙江后建议撤销昌国县，将居民全部内迁，　所谓“清野之策，而墟其地”，其理由是“悬居海岛，易生寇盗”。朱元璋听从其建议，下令舟山四十六岛共3万军民全部内迁。

舟山居民内迁后，舟山群岛就成为了无政府管辖的地方，于是走私商人、海盗或者倭寇就很快占领了这些岛屿，作为走私贸易的据点。其中双屿港位于舟山六横岛中间，是走私贸易最活跃的港口。到了明朝中期，葡萄牙殖民商团也在双屿港建立了贸易据点。于是，东亚地区的三角贸易形成了，葡萄牙人会将东南亚的香料、胡椒等特产运输到双屿港，换取中国的棉布丝绸等，再将棉布丝绸运输到日本长崎交易，获得大量的白银。

鼎盛时期的双屿港拥有3000多居民，其中葡萄牙人就占据了1200人。葡萄牙在双屿岛建设了殖民据点，设置了市政机构、法庭、议会以及各级官员。而中国著名的海盗头目汪直也盘踞在双屿岛。在嘉靖年间，双屿岛已经成为了亚洲最大的自由贸易港，之所以是自由的，那是因为明朝放弃管辖此地。

但走私贸易的盛行严重冲击了明朝的海禁体系，而“倭寇”（大部分是中国海盗）在沿海一带肆掠，也严重影响了东南各省的治安。为此，明朝在嘉靖年间开始进行了“平定倭寇”的战争，主要的人物是戚继光、俞大遒和朱纨。

1547年，朱纨为了打击双屿港的走私贸易，开始派遣船只拦截双屿港出海口的私商船只，随后又调集福建、浙江一带的战船对双屿港形成了包围，并大肆毁灭来往的船只。最终，明朝军队登陆双屿港，毁掉了这里的所有设施。

（中国军队）率领一支由三百艘中国大帆船及八十艘双桅帆船，六十万大军，在十七天内做好备战工作。一天清晨，这一舰队向葡萄牙人的村落发动了攻击······所有东西被付之一炬，夷为了平地。基督徒死亡达一万两千人，其中八百名葡萄牙人。——葡萄牙人所写的日记

此战，明朝清除了葡萄牙在舟山群岛的殖民据点，的确保卫了疆域。但明朝的本意却不是为了清除殖民者，而是为了彻底推行海禁，打击走私商人。明朝的军队在双屿岛进行了大规模的屠杀活动，“四十余日，寸草不生”。屠杀结束后，明朝军队将大量石头和木头扔到双屿港中，想彻底堵塞港口，从根本上摧毁这里的航运条件。从此，这个亚洲最大的自由港就萧条下去了。

明朝毁灭了双屿港，但却没有彻底赶走葡萄牙人。被驱逐的葡萄牙南下福建、广东继续寻找殖民据点。他们先是在漳州找了一个岛屿建立新据点，不过很快又被明朝驱逐。于是乎，葡萄牙人转变了方式，他们贿赂广东的官员，通过租借的方式得到而来澳门。此后，澳门就成为了葡萄牙经营的远东贸易中心。

明朝在东南沿海的严禁，严重阻碍了浙江、福建和广东的经济发展，尤其是福建省基本是山地，只能靠海为生。朱纨在福建大肆推行海禁，打击海外贸易，最终引起了福建人的仇视，最终被逼迫自杀。而福建人的反抗也让明朝意识到不能完全推行海禁，于是就在福建漳州开了一个月港，允许一口通商，这就是所谓的“隆庆开关”。但其他地方的海禁依然严厉地执行者。

明朝后期的东亚贸易情况：中国只有澳门和漳州月港可以贸易

而舟山经过此地打击，基本就是一蹶不振。直到清朝康熙年间，才废除海禁，将舟山作为了对外贸易的港口，设立负责对外商务海关事务的“红毛馆”。此后，舟山“增税银万两”，“西欧商船，鹜趋定海”，舟山的海外贸易迅速发展起来。可好景不长，乾隆皇帝上台后，又关闭舟山的贸易，并拒绝了英国马嘎尔使团提出的在舟山进行贸易，在舟山设据点的要求。直到鸦片战争后，清朝的海岸线再次开放，舟山的海洋经济才得以恢复起来。