前文阐述了陕甘回汉冲突的根源，提到有一个词，“门宦”。这几乎是中土绿教独有的一种组织称呼，究竟是怎么一回事？

门宦是什么？门宦其实就是门客。大多是封建人身依附那一套，谁是谁提拔的，谁是谁的人，谁是谁的主子，谁是谁的嫡系，等等。门客作为官僚家中豢养的帮闲或帮忙的人，最早出现于养客之风盛行的春秋时期，门客的人生目标是求富贵、图尊荣，实现的路径便是通过依附某个主子，把自身“工具化”，构成豢养与被豢养的主仆关系。

中土绿教在明代是没有什么“门宦”的，那时流行的都是格夫底派的“老教”，也就是如今主流的“逊尼派”。“格夫底”派不强调组织性，管理也松散，都是各村独立建立一座清真寺，形成一座独立的教坊，就像每个村都有个村支部一样。各种绿教教民也是依附于某一座清真寺聚集成落，然后得以形成一个单独的绿教村。基本上跟基督教每个城镇都有一座教堂差不多，大家周末都要有做礼拜的地方嘛。然后大的清真寺会向小的清真委派一名教长，负责担任阿訇，给教民传经布道。各个教长之间也不互相统属，基本相当于各玩各的，没有谁比谁更权威，大家都受明朝官吏的直接管辖。

这种形式让绿教教民在14-17世纪长达三百年间，是基本服从中央政府管控的，没意见，没矛盾。绿教村的清真寺的阿訇，就是一个村长性质的管理员，绿汉之间，和平相处几百年。

明末清初的1648年，也有绿教民米喇印、丁国栋的起事，打得旗号也是“反清复明”，跟宗教信仰八竿子打不着，都是贫苦大众的积极反抗。他们甚至拥立了一个明朝宗室、延长王朱识锛为“帝”，积极地与南方的永历政权遥相呼应。

这种情况从甘肃临夏人马来迟1728年从广州出海到中东朝觐开始，就发生了巨大变化。马来迟据说在广东待了三个月，拜一位阿拉伯宗教师傅学经，学习了苏菲派的经典。后又随几个也门来的教友一起去麦加朝觐学习，1734年又经过广州回国。然后近30年间在甘肃、云南一带传教，教徒达到40多万，逝世于河州花寺村。因此创立“花寺门宦”，也叫“华寺门宦”。“门宦”的组织力量就比分散的教坊制绿教村落强大太多了。“门宦”下面又分有数支道堂，道堂往往又是由数个村落、数个清真寺教坊构成的。可以把“门宦”看成是N个清真寺的集合，也是N个绿教村落的集合。以“花寺门宦”为代表的信教集群，就被称为了“新教”。绿教终于开始在中土形成一个个集合度高、内敛性强、排他性烈的“教派”。

“门宦”的组织者、传教的经师，逐渐通过传教变得富甲一方，成为整个团队的“话事人”。因此他们演变为“门宦之王”——“教主”。“教主”的意义与教长就大不相同了，教徒与教主之间不是村民与清真寺阿訇之间的邻里关系了，而是一种隶属关系、依附关系，等同于“门客”。教主去世后的墓地都成了教徒膜拜的胜地，后代子孙世代朝拜。西北地区逐渐地出现了众多的传教者，吸引不同教民投奔，重新分化组合，不同绿教村落之间认同度越来越高，互相引为知己、同宗。因为身在同一教派下的互相认可，加上绿教对横向兄弟间关系的推崇，他们的联系更加紧密了。

在广阔的大西北，逐渐兴起了四大门宦组织，即虎非耶、格底林耶、库不林耶和哲合林耶，他们之下又分40多个分支门宦。相当于洪门里的“香坛”，有总坛，有分坛。也类似天地会的总舵、分舵。其中“虎非耶”兴于清初，教理思想源自中亚的纳格西班迪教团，约有毕家场、花寺、穆夫提等21个支系。哲合林耶门宦的教主是马明心，也曾前往中东朝觐。他回国创立的门宦特色是：给钱。史载“入其教者皆有周济，人情贪利，附之者愈众”。因此，贫苦下层加入较多。参与到1860年代陕甘回变的也以这个教派的人居多。

值得注意的是，最初的门宦教主们都是平民领袖，比如“花寺门宦”创始人马来迟，其父绰号“马十万”，是一个大地主大商人，其祖是明朝有诰命的官员，结果他出生时家庭已经破落，才去学得经，起名“来迟”，意思享受富贵迟到了，没赶上。哲赫忍耶门宦创始人马明心则一直主张传贤不传子。前几代的教主都特别注意远离权势和财富，一心只向教理，重在学习，而不是聚众。可到了后来，门宦制度还是发展成了世袭制，演化为权贵们争权夺利的工具。比如参与1860年代陕甘回变的金积堡起事的领袖马化龙，其曾祖父就是马明心的学生。他们家接任马明心的职务后，就历代世袭了。

世袭的结果就是教主变为权贵，这个权贵阶层还是与清廷对立的。当互相对立的群体都掌握了武器时，最终导致的结果就是陕甘回变，回汉之间互相抽纱，不同教派之间也互相抽纱。哲合林耶派成为陕甘回变的主力，而虎非耶派则大批投靠清军，摇身一变成了清军将领。后来著名的西北四马全部是虎非耶派出身。马步青、马步芳、俗称尕司令的马仲英都出身于花寺门宦，马鸿逵、马鸿宾出身毕家场门宦。

自从门宦成为“新教”的唯一组织形式后，与“老教”也频频发生冲突。陕甘回变的同时，云南也有回变，杜文秀的起事是其中代表之一。但是为何史书上一般只强调陕甘地区的抽纱，却没有重点提及云南地区的事变细节呢？就是因为，杜文秀集团属于“老教”，他们与排他性高的“新教”聚集的陕甘地区还是略有不同。比如杜文秀集团有大量的汉民加入，也有彝、白、苗、壮等各族，他们反清活动更趋向于能得到后世的部分认可。而陕甘地区的事变，民族对立情绪则极其严重，历来是史书上很难分辨解释清楚的一件事。

清末民国间，外部产生的伊赫瓦尼派，也叫“遵经派”又开始传入中土。该派与门宦拒绝合流，号召“遵经革俗”，主张打倒门宦。一部分伊赫瓦尼派信徒受到瓦哈比派的影响，又分化出了赛莱菲耶等后续一系列种种门派。

不过总的趋势是，“门宦”组织仍然是绿教在中土最主要的组织形式。以甘肃临夏市康乐县为例，目前全县9个民族24.8万人，13万是绿教教民。占全县总人口的55.6％，就有多达11个门宦，穆夫提门宦人口最多，有4万人，7012户。