新桂系曾组建过秘密政治组织，从护党青年军团到革命同志会。中间经过7年，三易其名。此组织是反蒋防蒋的组织，它对巩固新桂系割据政权发挥过非常重要的作用。中原大战失败是新桂系发展史上的转折点，新桂系败退广西后，黄绍竑看清了形势，也不愿意广西陷入无休止的争战中。眼界高了，安身立命的庙就显得小了，于是脱离团体，投奔南京。曾经为新桂系第二号首领的黄绍竑投蒋，足可以动摇团体。新桂系几乎陷入绝境，桂系的首领由李、黄绍竑、白变为李、白、黄旭初。

自1926年北伐兴师，李宗仁、白崇禧一直在前方忙于指挥作战，广西后方由黄绍竑打理，军政自成系统。黄绍竑离桂投蒋后，在军政干部中，自然会造成分裂。汪精卫在香港对此作了分析总结，并通过张定璠向李、白建议，认为广西还需同张发奎紧密合作，并肩战斗。为了统一意志，加强团结，必须组织一个政治集团。一切问题事先以开诚布公的精神提到团体中讨论，等到取得协议后，才付诸实施，这是预防出现第二个黄绍竑的应变措施。

张定璠从上海经香港来到柳州，李宗仁、白崇禧于是把这个问题提出来同张发奎、薛岳、吴奇伟、韩汉英等商量，大家都表示同意。决定成立一个叫做“中国国民党护党青年军团”的组织，这是桂系党卫军的雏形。设有中央干事会，李宗仁、白崇禧、张发奎三人为中央常务干事，主持日常事务。中央干事会设书记一人，由李宗仁的机要秘书王公度担任。想要加入该秘密组织，必须有两人做介绍人，加入者在李宗仁或白崇禧面前进行宣誓，高举右手，口念誓词，还以针刺食指出血，印在誓词上的签名下面。这个秘密组织，对桂张联盟反蒋起了团结和统一思想的作用。

1931年2月，蒋介石扣押胡汉民事件，促成了两广联合反蒋，新桂系重新统一广西，度过了最困难的时期。然而形势又发生了变化，1932年1月，蒋介石、汪精卫在杭州举行会议，形成蒋、汪合作局面。张发奎第四军借机离开广西，另谋出路。张部离去，桂系面临继黄绍竑出走后又一次重击。为防止内部生变，李、白随即对“中国国民党护党青年军团”改组，成立“三民主义革命同志会”。如果是以前是党卫军组织，现在则是标准的盖世太保了。

“同志会”的宗旨是：加强内部团结，联合各派共同反蒋，“蒋介石是我们的主要敌人，其他各党派都是我们的同盟者”，在策略上采取“少树敌，以敌攻敌”。会员都有代名和代号，广西党政军各方面的重要干部多数都加入了这个组织，会员总数四五百人。会上通过廖磊、黄旭初、李品仙、王公度、潘宜之等人成立领导机构，李宗仁为会长，白崇禧为副会长。这次改组，内部机构作了调整，吸收会员不以公开职务和地位为标准，而以李、白对发展对象的评价为主要条件。近似于戴笠成立的特工部，李、白对这个组织抓得很紧，常常每星期举行两次会议，由正副会长亲临主持，讨论和决策军政大计。

李、白通过建立秘密组织，用严厉的纪律监控中高级干部，约束内部，加强团结，抵御黄、张叛离对团体的冲击和蒋介石势力的渗透和分化。这个时期，李宗仁在各种场合的演讲和训话中，除了声称继续反蒋，打倒独裁”之外，讲得最多的是发扬团体的团结战斗传统。要求部属“努力修养锻炼，从心理建设上做功夫”，忠告下属坚定意志，团结奋斗。扬言要用严厉的“惩戒”来巩固团体，“不让少数人影响整个团体。

桂系的这些措施的确颇见效，尽管后来蒋介石使用各种手段不断进行分化、策反，始终没有大的效果，基本没有发生重要军政干部叛离事件。其次用封建法西斯式的方式，秘密组织来加强李、白的领袖权威。使其在团体中具有至高无上的领袖地位，也容易得到中下层的认同。长期以来，李、白在广西并没有任什么行政职务，但始终是事实上的最高决策者。即使抗战时期李、白远在省外，仍然牢牢控制着省内的权力。黄旭初不过是李、白的看门人而已，省内重大事务，仍唯李、白马首是瞻，得到两人的同意才能有效。

1937年全面抗战爆发后，蒋桂合作抗日，共赴国难，蒋桂矛盾有所缓和。为适应抗战，新桂系宣布解散革命同志会，解散了桂系秘密政治组织，所有关键性秘密文件进行焚毁。与此同时，桂系强硬派人物王公度被处决。王公度是李、白一手栽培和提拔的，反蒋最坚决。先后任第四集团军总政训处主任，王案实际上是新桂系内部矛盾的爆发。

桂系进行了第二次清党，黄旭初等人炮制出“杨陶增案”，将王公度诬陷为所谓的“托派头目”，蒋介石在其中也是煽风点火，给李宗仁写信说王公度私通日本。李宗仁听信左右的谗言，将王公度杀害。当时白崇禧还在南京中央机关担任副参谋总长，他听说了王公度的死讯，不禁捶胸顿足，大骂道：“像王公度那样的人，只要关他几个月，就可以放出来重新予以任用，万万料想不到竟死了那么多人！”

可见，白崇禧对于失去的反蒋先锋，是非常不接受的。事后半年，白崇禧发觉王案使系损失过大，于是积极地作了调整。他电令广西省政府主席黄旭初和第五路军总参谋长夏威，将王公度案受嫌在押的李一尘、张威遐等人通通无条件释放，有的还受到倚重。如陈寿筠做了白崇禧的侍从副官。虽然取消了桂系党卫军组织，但是白崇禧内心还是想保留着三千死士。