秦琼初为隋将来护儿部属，后从张须陀镇压反隋起义军。张须陀败死后，归属瓦岗军李密，任帐内骠骑。李密败后，为王世充所得，署为龙骧大将军。武德二年（619年），秦琼投唐高祖李渊，李渊令其进入秦王府。自此之后，秦琼一直为李世民效力，比如他跟随李世民镇压窦建德、刘黑闼起义军，因功封翼国公。

武德九年（626年），秦琼参加玄武门兵变，助李世民夺得帝位，拜左武卫大将军。贞观十二年（638年）病死，追赠徐州都督，陪葬昭陵（位于今陕西礼泉境内）。那么，问题来了，秦琼战功赫赫，深得李世民信任，为何在凌烟阁中排名最后呢？

一、秦琼是半路投靠唐朝和李世民的

在古代历史上，皇帝册封开国功臣的时候，非常重视他们跟随自己的时间。一般来说，跟随自己时间越早，并立下较多的战功的人，往往可以获得较高的地位。比如西汉初期，萧何之所以在开国功臣中排名第一，和他在沛县时期就跟随在刘邦身边存在一定的跟随。

对于李世民来说，只有晋阳起兵前后跟随自己的人，才能算是元老，比如长孙无忌、房玄龄、杜如晦以及段志玄、刘弘基这些人，就属于李世民集团的元老，因此排名是比较靠前的。同时，在凌烟阁二十四功臣中，还有一些将领的战功虽然不如秦琼，但是，他们投靠李世民的时间比较早，这促使他们获得了靠前的排名。

而就秦琼来说，在归附唐朝之前，先后为隋朝、瓦岗军、王世充效力，也即资历不够深厚，显然成为了秦琼的劣势。

二、秦琼长年患病，错过再立战功的机会

唐朝基本上一统天下后，秦琼就开始经常生病，每逢病时就对人说：“我戎马一生，历经大小战斗二百余阵，屡受重伤，前前后后流的血能都有几斛多，怎么会不生病呢！”

在李世民一统天下的过程中，秦琼勇武过人，帮李世民立下无数功勋，在虎牢关之战中，秦琼、程咬金等人更是身先士卒，只率少数精锐杀人窦建德大营，将其十万大军直接洞穿。从武艺和勇武程度，秦琼不次于程咬金、尉迟敬德等人，但是，在玄武门之变后，秦琼则一直抱病在身。

对此，在不少历史学者看来，不管是秦琼是装病，也即想要急流勇退，还是真的抱病在身，无法再次走上战场，这都影响到他战功和地位的提升。与此相对应的是，李靖、徐懋功虽然不是李世民的亲信，可是在秦琼生病后，他们再立新功，官职也得到了晋升，所以能够在排名上超越秦琼。

三、玄武门之变中，秦琼没有出力太多

公元626年7月2日，李世民带领手下心腹，在玄武门埋伏下了伏兵。李建成和李元吉走到玄武门之后，被埋伏在玄武门的李世民等人，打了一个措手不及。李建成当场被李世民射杀。而李世民因为坐骑受惊，从马上摔落，差点被李元吉勒死，还好尉迟恭及时赶到，才救下了李世民。而尉迟恭也因为救下李世民，和射杀李元吉，成为了玄武门之变的头等功臣。

与此相对应的是，虽然根据《旧唐书》等史料的记载，秦琼确实参加了玄武门之变。但是，在这场兵变中，秦琼并没有什么出彩的表现。所以，尽管秦琼深受李世民的信任，但是，因为以上几点原因，促使其在凌烟阁二十四功臣中排名倒数第一。