在蒙元时期，有一支自带神秘色彩的军队，关于这支军队的人员结构、作用等问题，中外学者一直有分歧，这就是“探马赤”军。探马赤军既不是汉军，也不是传统意义上的蒙古军，更像是介于这两者之间的存在。

“探马赤”这个名字，很可能是蒙古语“收集”、“印章”的意思。综合各种史料中的记载来看，探马赤军是在原有蒙古主力军之外，从各部中重新征集出来的，需要长期驻守在战争前线地区的一种军队，也被用于先锋军、敢死队。探马赤军的士兵的族源十分复杂，有蒙古人、色目人，甚至还有汉人、西夏人、金人、契丹人。

《元史》中说，蒙古军“皆国人”，探马赤为“诸部族”。这是说探马赤军应该不是由传统意义上的蒙古各部组成的。《新元史》中也解释说，非蒙古诸部的其他部族军队，称为探马赤。

《史集》中记载，探马赤是从各千人队，百人队中抽出士兵组成的军队，被派往某地长期驻扎。这又说明探马赤军是蒙古各部人组成的，与《元史》、《新元史》的说法截然相反。《史集》中还记载，窝阔台派绰儿马罕率领四万探马赤军驻守在伊朗，而且这四万人中有忙兀部后裔。

1218年，木华黎奉成吉思汗的命令，在兀鲁、忙兀、弘吉剌、亦乞剌、札剌儿五部中抽调兵力组建了五部探马赤军，分别交给五位将军统领，这便是我最早的探马赤军。这五部又都是传统蒙古诸部范围内的。

值得注意的是，最初统领探马赤军的五位将军并不都是传统的蒙古部人，其中有两位是克烈部人，一位是塔塔儿部人。因此，有人据此认为探马赤军不是传统意义上的蒙古军。

当时木华黎组建的探马赤军，除了兀鲁、忙兀等五部人马之外，很可能还有汪古部。因为木华黎帐下除了这五部外，还有火失勒部一千骑兵，以及汪古部的一万骑兵。兀鲁等五部火失勒部都有各自的领袖，不可能无缘无故地把全部兵力抽调出来组建探马赤，而汪古部的情况则有些不同。

自从汪古部首领阿剌忽失与他的儿子不颜昔班在汪古部内乱中相继被杀后，成吉思汗曾想让汪古部血债血偿，替他的女婿报仇。当时汪古部的首领镇国跪在成吉思汗面前说：“全体汪古部人合谋杀死了阿剌忽失，把他们都杀了，对您又有什么好处呢？”

因为对金战争需要人手，所以成吉思汗改变主意，没有屠杀汪古部族人，而是在1217年时，从汪古部的五千户中抽调了一万汪古骑兵，交给木华黎指挥。而镇国并没有随军出征，这明显就是成吉思汗对汪古部的一种惩罚。这几乎把汪古部所有适龄男丁全部抽空了。

1221年，宋臣赵拱奉命出使蒙古见木华黎后，曾在其著作《蒙鞑备录》中说：“今领白鞑靼国事，日逐看经，有妇士数千人事之。”南宋当时称汪古部为白鞑靼，这段话是说成吉思汗之女阿剌海别吉统治着汪古部，她每天念经文，有几千女官为他做事。这说明当时汪古部中的确只剩下妇女留守了。

但是，在史书记载的后续战事中，并没有找到有关这支汪古部军队的名字。所以，他们很有可能被编入了探马赤军中。兀鲁等五部，以及汪古部，便是早期探马赤军士兵的主要来源。

由于探马赤军要常年驻扎于边关，而蒙古人又不愿离开草原，所以后来的探马赤军大多由这些部族中犯了错的人，或者是已经成为蒙古各部奴仆的外族人担任，所以才造成了探马赤军族源混杂的局面。