明末清初时期，吴三桂投降并任职于清廷，当时的清廷受到南明残余势力的威胁。在这种情况下，清廷任命吴三桂去镇守云南，消灭南明残余势力，并给了他大量军力，吴三桂带领军队进攻南明政权时，所向披靡，不仅势如破竹，而且还杀了南明的最后一个皇帝朱由榔，清廷因为吴三桂的功劳而封其为平西王，镇守云南等地。

然而随着吴三桂的权力越来越大，军队人员越来越多，清廷觉得吴三桂是个威胁，开始对吴三桂进行打压，据说当时吴三桂手里握有6万的军队，清廷借口说自己国库紧张，要求吴三桂裁军减员，要求吴三桂军队裁员到2万人左右，并且朝廷只拨送这一部分人的军事费用。但是，吴三桂仅裁去了2万人，并且留下的4万人都是精英主力。

由于清廷只提供2万人的军费，所以吴三桂还需要依靠云贵等地的财政，来养活剩下其余的军队。再加上吴三桂害怕清廷高层会过河拆桥，所以他当初并没有彻底清除南明的残余势力，并且留下了一小部分，就像电视剧《韦小宝》里面的“天地会”一样，分布在西南地区，伺机而动有机会就想着反清复明。

这样一来，清廷还是得依靠吴三桂来处理西南地区的军政事务，南明余党。在康熙年幼在位初期，朝廷只能把西南地区的选官权利也都交给了吴三桂，这就是历史上著名的西选官制度。吴三桂直接选拔了云南和贵州两地的官员，作为自己的亲信，还有四川、广西等地为官人员很多都是吴三桂以前的手下。虽然吴三桂只有4万多军力，但是对各地区的控制力都很强。

随着康熙皇帝逐渐长大，觉得三藩势力过大，便开始对三藩动手打击。当时，三藩认为朝廷当时必须依靠自己，不会马上削藩，而康熙认为三藩没有那么大势力，不敢动手造反，跟何况吴三桂的儿子在朝廷手中，吴三桂不敢轻举妄动。其实在朝廷刚传出裁藩的消息以后，吴三桂就已经开始聚拢旧部，拉拢人心了。在康熙下令撤藩的时候，吴三桂的军队已经达到七八万人左右。最终，吴三桂按耐不住发动了叛乱。

吴三桂很快就控制了云南和贵州两省，再加上由于四川广西等地有很多高官人员，都是吴三桂的以前旧部，所以吴三桂很快便控制了整个西南地区。吴三桂为了迅速扩充军队，于是抓壮丁充数，势力最鼎盛时期，军队总数超过30万。但是其军队素质参差不齐，所以战斗力不强。

起初清廷听了这个消息非常害怕，出现了手忙脚乱的情况。但是后来康熙开始注重军队调整，开始使用绿营军，这才逐渐平稳了局面。

吴三桂叛乱之初，动作非常迅速，严重威胁了康熙皇帝的统治。不过因为吴三桂的旧部大多都是墙头草。于是康熙用拉拢一部分，去打压另一部分的办法，很快使清廷掌握了主动权，开始打压主动进攻吴三桂。

虽然吴三桂在临死前选择自称为帝，也算是过了把皇帝瘾，但是清廷最终还是平定了长达8年的吴三桂等人的大规模叛乱，也实现了真正意义上的统一。