近日，发表在Nature communication上的一篇文章，为我们分析了霍乱近期的传播模式，包括与南部非洲特大疫情相关的 AFR15 谱系的快速传播。以下是全文摘要：

研究目的

明确撒哈拉以南非洲霍乱弧菌的近期传播模式、谱系进化特征及抗菌药物耐药性（AMR）变化，为非洲霍乱区域协同防控提供基因组学依据。

方法 由非洲疾病预防控制中心牵头成立非洲霍乱基因组联盟（CholGEN），联合7个非洲联盟成员国（喀麦隆、刚果（金）、马拉维、莫桑比克、尼日利亚、乌干达、赞比亚），对2019-2024年收集的1220株O1群霍乱弧菌分离株开展本土基因组测序，最终纳入763个高质量基因组进行核心分析；结合1764株公共数据库菌株序列，采用贝叶斯系统发育重建、系统发育地理分析、突变谱分析及AMR基因检测等方法，解析霍乱弧菌谱系分布、跨境传播特征、进化规律及耐药基因型变化，并建立基因组采样价值评估框架指导后续监测。

研究发现

构建非洲本土规模最大的霍乱弧菌基因组数据集，所有新测序菌株均源于此前报道的输入事件，西非/中非以AFR10、AFR12谱系持续流行为主（分别持续至少29、15年），东非/南部非洲谱系多样性更高（AFR10、AFR11、AFR13、AFR15共存）；

AFR15谱系与南部非洲特大疫情相关，已从马拉维、南非等扩散至刚果（金）、赞比亚等中非/南部非洲国家，且该谱系存在2次独立输入事件（2020年初南亚、2022年年中中东）；

各流行谱系间基因型差异小，进化替换率、突变谱及基因富集特征无显著差异，流行病学差异（如AFR15快速传播）非菌株遗传变异所致；

多数成员国菌株AMR基因型在研究期内稳定，未检测到霍乱核心治疗药物四环素类耐药基因，仅乌干达AFR13谱系菌株于2020-2023年通过获得IncA/C型质粒获得aad2、blaPER-7等多重耐药基因，且该质粒存在洲际传播；

非洲霍乱跨境传播实际频发，但因采样偏倚检出率低（年均地理迁移率0.04次），采样强度与传播事件检出呈中等相关（R²=0.29，P<0.001）；

建立的采样评估框架显示，乌干达需持续长期监测捕获更多输入事件，刚果（金）需完善地理采样代表性，赞比亚需延长采样周期以明确传染源。

研究结论

非洲霍乱传播具有显著区域特征，跨境传播是疫情持续的重要原因，且本土基因组监测对解析传播规律至关重要；各流行谱系进化特征相似，AMR基因型整体稳定但存在质粒介导的多重耐药性洲际传播风险。非洲霍乱防控需强化区域协同的跨境基因组监测，优化采样策略并聚焦高多样性区域，同时结合基因型-表型关联研究完善耐药监测，推动基因组学结果向公共卫生干预转化。

原文：https://doi: 10.1038/s41467-026-68642-7