西班牙征服者在16世纪至18世纪，通过一系列的战争和探险，横扫了整个美洲。除了那些被摧毁的帝国、无数土著居民的生命遭到屠戮，最令人为之震惊的，是征服者们屠杀当地居民时所展现出的极端残忍方式。 西班牙征服者的杀戮方式无疑是极度残酷的，然而，许多历史学家认为，在一场名为黑色传说的反西班牙诽谤运动中，某些最为极端的细节被过度渲染了。但即便如此，西班牙征服者残忍地屠杀了数百万土著居民，这一铁的事实，是不容否认的。

他们曾发誓要宽恕一位改信基督教的印加国王，但最终却依旧结束了他的生命。 1533年，西班牙征服者弗朗西斯科·皮萨罗俘虏了印加国王阿塔瓦尔帕。为了保命，阿塔瓦尔帕许诺用黄金填满一个24英尺长、18英尺宽、8英尺高的房间，再用双倍的白银填满。皮萨罗很快接受了这个交易。

然而，在接下来的两个月里，随着黄金缓慢交付，西班牙征服者开始怀疑这是否是骗局。最终，皮萨罗决定以活活烧死阿塔瓦尔帕来解决这个问题。 阿塔瓦尔帕知道，西班牙人永远不会烧死一个已皈依基督教的信徒，于是他在最后时刻选择了皈依，尽管这一举动短暂起到了作用——西班牙征服者最终还是把他绞死了。

他们将阿兹特克的贵族们聚集在一个院子里，随后结束了他们的生命。 1519年，阿兹特克的贵族、牧师和领袖被带到乔鲁拉城的一个院子里。就在那时，埃尔南·科尔特斯的西班牙征服者命令屠杀了这群手无寸铁的阿兹特克人。

不久后，乔鲁拉遭到特拉斯卡兰士兵的袭击。特拉斯卡兰人是阿兹特克的长期敌人，并与西班牙人结盟共同对抗阿兹特克人。 最终，成千上万的乔鲁拉人被屠杀，乔鲁拉这个曾是阿兹特克帝国重要的城市，变成了一片废墟。

他们甚至将土著人用来喂养狗。 在弗雷·巴托洛姆·德·拉斯·卡萨斯的著作《印度的毁灭》中，他描述了西班牙征服者训练凶猛的狗来攻击、杀死并撕碎当地印第安人。为了保持狗的嗜血本能，他们甚至将印第安人带过来，解开铁链，放狗去攻击。

西班牙人还开设肉铺，展示印第安人尸体。每当有人经过，西班牙人便会说：给我四分之一，挂在那里的印第安人，用来喂狗。 他们发明了一种让当地人痛苦死亡的方式：将人吊起来，然后活活烧死。

征服者们经常设计各种方式，让土著人死得更加复杂与痛苦。在《美国大屠杀：征服新世界》一书中，Las Casas提到，他们设计了一个足够低的绞刑架，让被吊起的人的脚趾能刚好碰到地面。有一次，为了纪念基督徒的救主和十二使徒，他们一次性绞死了13个土著人。 然而，令人更加残忍的是，当这些人接近死亡时，他们的身体会被包裹上稻草，然后活活烧死。

他们不仅夺走了成年人的生命，还对无辜的婴儿下手。 征服者的残忍不仅限于成年人，也波及到无辜的婴儿。根据西班牙牧师弗雷·巴托洛姆·德·拉斯·卡萨斯的记载，西班牙征服者曾将婴儿从母亲怀中抢走，直接把他们摔向岩石或丢进河中，冷酷地取笑母亲的痛苦。当这些母亲绝望地倒地时，征服者们会将这些死去的婴儿的尸体扔回母亲的身边。 他们曾把无辜的土著人活活丢进坑里，让他们死于无助与痛苦。 西班牙征服者挖掘深坑，用锋利的木桩填满，然后将孕妇、妇女、儿童、老人，以及他们能抓住的任何人扔进坑里，许多人甚至被木桩钉死，直到坑被填满时，几乎所有的人都已死去。

他们甚至用土著人来测试刀剑的锋利。 有时，征服者会杀死被俘的当地人，甚至用他们的尸体来测试刀剑的锋利与力量。西班牙征服者曾打赌，看看一刀是否能砍下人头，或是否能将尸体一分为二。

他们还通过疾病传播，彻底摧毁了土著民族。 除了刀剑和枪火，征服者最致命的武器，往往是无意中带来的疾病。当征服者登陆美洲时，他们携带的天花等疾病迅速传播，致使当地土著人群的免疫系统无法抵抗。随着天花的肆虐，阿兹特克世界的90%人口最终被消灭。正如《病毒、瘟疫与历史》一书的作者迈克尔·奥尔德斯通所提到的，天花不仅摧毁了阿兹特克军队的大量士兵，还影响了战斗中的西班牙人士气。

他们砍掉了土著人的手。 在《印度的毁灭》中，巴托洛姆·德·拉斯·卡萨斯写道，西班牙征服者曾砍下当地人的手，并把这些残肢挂在受害者的脖子上。

他们将土著人奴役，迫使他们劳作至死。 西班牙征服者对待被俘土著人如同奴隶，毫不留情。他们用毒打、踢打和鞭打驱赶这些劳工，甚至专门设立了追捕小组，确保任何逃跑的土著人都不会逃脱。 他们还把土著人活活烧死在自己家中。 在弗雷·巴托洛姆·德·拉斯·卡萨斯的《印度的毁灭》中，记载了一段恐怖的情节：一群土著印第安人为西班牙人提供了大量黄金。为了报答，他们被关在几间屋子里，并且尽可能多地被塞进去。最后，西班牙人放火焚烧这些房子，将所有被困的人活活烧死。 他们还时常肢解土著居民。 西班牙牧师弗雷·巴托洛姆·德·拉斯·卡萨斯曾亲眼目睹西班牙人砍掉土著人的耳朵、鼻子和手，无论男女，仅仅因为他们觉得这样做有趣。 他们在战斗中使用能轻易粉碎头骨的武器。 最近在秘鲁出土的印加战士遗骨表明，致命的头骨断裂并非普通的武器所为，而是西班牙人所使用的带有钢钉或尖喙的中世纪武器造成的。人类学家梅丽莎·墨菲在研究这些遗骸时指出，这些骨骼的损伤模式不同于任何已知的其他武器伤害，许多人死于极其残忍的手段。 为了报复15名欧洲人死亡，西班牙人奴役2000名玛雅人，并活活烧死了玛雅祭司。 1546年，15名欧洲殖民者在玛雅地区被杀。为了报复，西班牙征服者奴役了2000名玛雅男子，并将他们的妻子绞死，祭司则被活活烧死。历史学家亨利·卡门曾说过：西班牙人在新大陆的残忍行径，毫无疑问是不可辩驳的。 他们将玛雅王后绑起来，用她练习射箭。 1539年，征服者弗朗西斯科·皮萨罗入侵了新印加的维尔卡班巴州。皮萨罗在寻找领袖曼科·印加时，只找到了王后库拉·奥克洛。于是，她被绑在木桩上，成为征服者射箭的靶子。等她死后，她的尸体被放进篮子，顺着维卡诺塔河流向下游，最后被曼科·印加人发现。