朱元璋，明朝的开国皇帝，出生贫寒，命运多舛。十七岁时，父母双亡，年少的他漂泊四方。二十四岁，他加入了红巾军，经过十六年的战斗，终于统一了天下，建立了大明。朱元璋是中国历史上出身最为贫寒的开国皇帝。 在加入红巾军后，朱元璋受到了红巾军主帅郭子兴的器重，并娶了郭子兴的养女马氏，这位马氏后来成为了明朝的皇后——马皇后。 朱元璋建立了明朝后，定都南京应天府。为了选定合适的陵墓位置，他亲自勘察了多处风水宝地。最终，他决定选择位于南京紫金山南麓、独龙阜玩珠峰下的一块风水极佳的地方，开始建造自己的陵墓。

在建陵的过程中，工部的施工人员无意中发现，所选的这块地前方竟然是三国时期吴大帝孙权的蒋陵。由于风水上的原因，负责建陵的官员想将孙权的墓移开。然而，朱元璋得知后却说：孙权也是英雄，就让他守门吧。于是，孙权的蒋陵没有被破坏，朱元璋的陵墓神道也特意绕开了孙权的墓地。这也解释了朱元璋陵墓的神道为何不直，绕过蒋陵。 洪武十五年（1382年），马皇后去世，随后被葬入了与朱元璋合葬的陵墓。由于马皇后谥号为孝慈高皇后，因此陵墓被命名为孝陵。孝陵这一名称取自马皇后谥号中的孝字。 洪武三十一年（1398年），朱元璋去世，享年七十一岁。此时，孝陵地宫再次开启，朱元璋的遗体被安放入内，与马皇后合葬。

关于孝陵内是否有朱元璋的遗体，后世曾流传一种说法：有人说孝陵内只有马皇后，没有朱元璋。这一说法源于朱元璋去世后，南京的十三个城门同时开门，十三支完全相同的送葬队伍从不同的城门出发。这引发了人们的疑问，究竟哪一队才是朱元璋的真正葬队。民间传闻称，这是朱元璋临终时的安排，目的是让人迷惑，混淆视听，使盗墓贼无法确定真实的陵墓位置，从而避免盗取陵内宝物。 然而，这一说法只是民间的传言，实际上，作为一国皇帝的葬礼绝不可能如此草率。所有的葬礼程序必须严格遵守礼法，体现出国家的庄重和法度。十三门同时开、送葬队伍错综复杂，可能是后人为了套用曹操七十二疑冢的传说才杜撰出的故事。 洪武十六年（1383年），孝陵的主体建筑完成，建设过程中，动用了十万军工，历时数年，最终完成了这一宏大的工程。

明建文四年（1402年），燕王朱棣发动靖难之役，攻占了南京，宫中发生大火，建文帝下落不明。朱棣改建文四年为洪武三十五年。此后，许多王公和臣子上表劝说朱棣登基，朱棣在杨荣的劝说下，先到孝陵祭拜，悲痛感慨，最终三次辞让，才接受了帝位，成为了明太宗（成祖）。随即，明朝定年为永乐元年。 永乐三年（1405年），孝陵的地面建筑最终完成，整个建设过程历时二十五年。自此以后，直到明朝灭亡，南京的明孝陵一直是明代皇帝的祖庙，备受历代皇帝尊崇。每年，明朝都会举行三大祭和五小祭，所有国事大典都必定在孝陵举行祭祀仪式，以表尊敬和纪念。 明朝灭亡后，清朝继续对孝陵进行维护，设有内官二员和陵户四十名，负责守卫陵墓，确保明太祖朱元璋的祭祀不间断。

清康熙二十三年（1684年），康熙帝首次南巡，亲自前往孝陵祭拜。他下车时，特地叮嘱随行大臣停马行礼，表示对明孝陵的极大尊重。在拜祭过程中，康熙帝行三跪九叩大礼，并给予守陵官员丰厚的赏赐，同时命令严禁采伐陵区周围的树木，确保陵区的安宁。这一礼节不仅展现了康熙帝的尊崇，还起到了安抚江南百姓的作用。 康熙三十八年（1699年），康熙帝再次南巡，亲自前往孝陵，并书写了治隆唐宋四字，刻碑立于碑亭，作为纪念。 之后的乾隆帝六次南巡，每次都会专程前往孝陵，祭拜明太祖朱元璋。在祭拜时，他依然行三跪九叩的大礼，表示对先帝的深厚敬意。

太平天国起义爆发后，太平军攻占南京，明孝陵的地表建筑被毁坏殆尽。 清同治三年（1864年），两江总督曾国藩奉命修复孝陵，并进行了小规模的修复工作。 民国元年（1912年），临时大总统孙中山亲自带领南京临时政府官员前往孝陵祭拜，并拟定了祭文。

1961年，明孝陵被列为全国重点文物保护单位。 从洪武三十一年（1398年）至今，朱元璋和马皇后已经在孝陵地宫安寝超过六百二十年。