1966年,叶帅找到了北京军区副司令员傅崇碧,告诉他上级决定扩编卫戍区,并任命他为卫戍区司令员。对于这个突然的任命,傅崇碧感到有些意外。卫戍区一直是负责保卫中央首长的武装力量,虽然名义上隶属于北京军区,但实际上它长期在总参的直接领导下工作。虽然卫戍区司令员的职务看起来不算太高,但责任却非常重大。这也从侧面反映了上级对傅崇碧的高度信任和重用。接下来的日子里,卫戍区不断壮大,其人数从万余人增加到十万多人,成为了兵团级单位。与此同时,社会动荡加剧,各地的高级领导纷纷被保护在北京。卫戍区不仅要负责老干部的安全,还需要应对涌入北京的几百万红小将。毕竟,北京的治安形势紧张,需要更多的力量来维持秩序。
尽管卫戍区司令员的职务本身不高,但傅崇碧却一直在周总理、叶帅和总参的直接领导下工作,接触到的机密非常多,因此这个职位在当时具有举足轻重的意义。在担任卫戍区司令员期间,傅崇碧负责保护一些老干部的住所,比如京西宾馆和海运仓等招待所。如果卫戍区没有足够的警卫力量,可能会发生一些老干部被地方上的造反派抓捕的情况。因此,卫戍区在这方面的工作非常重要。不过,也有一些老干部被严格监护,他们的看守工作也由卫戍区负责。有些老干部恢复工作后,曾经对傅崇碧说:他在大运动时期红得发紫。但傅崇碧并不理解这话的意思,当时他的心情非常复杂和难过。 1968年3月,傅崇碧突然被调离北京,派往沈阳军区。下飞机后,他就被软禁了起来,开始了长达六年多的东北生活。期间,他的妻儿也遭受了牵连,所有在军队服役的孩子被清除出队伍,上学的孩子则被强制改名换姓,并被下放到农村劳动,不允许回家。傅崇碧曾经感慨:大运动时期,我没有升官,反而被关了六七年,这就是‘红’的结果吗?在那个动荡的时代,很多人都是按照上级的命令行事,特别是卫戍区,其职责是严格执行上级的指示,确保老干部的安全。事实上,真正对这些老干部不怀好意的并不是卫戍区的人,而是专案组的成员。伍修权曾经在卫戍区的一个营房里被看管,他曾经说过:在这里至少不用承受外界无休止的批斗,能保证自己的人身安全,至少不需要面对专案组。然而,外界并不理解这些情况,很多人把矛头指向了傅崇碧,导致他受到了很多委屈。然而,正是因为他为人低调务实的做事风格,傅崇碧在1977年得到了邓小平的重新任命,再次担任了卫戍区司令员。1982年,随着卫戍区的缩编,他被调任为北京军区政委,最终在1985年退居二线。