1948年10月下旬，原华东野战军第一纵队副司令员何克希被调任至起义部队吴化文所在的部队，担任政委一职。他带着各级政治干部和一个半班的护卫人员，以及一名秘书一起赴任。吴化文的部队驻扎在济阳地区，曾是顽固的武装力量，在抗日战争期间充当伪军的角色，且在沂蒙山区制造出一片无人区，与当地的根据地军民关系极差。虽然吴化文选择了起义，但部队中仍有一些心怀不满的旧部队成员，他们的态度依旧顽固。因此，改编这支部队的任务非常艰难，甚至存在一些潜在的危险。

何克希刚到任后，首先进行了调查，了解部队的现状。随后，他召集了全军营以上的干部开会，会议由吴化文主持，何克希做了报告。在报告中，何克希高度评价了吴军起义的意义，并分析了蒋家政权即将崩溃的形势。报告结束后，他邀请大家发表意见。让人意外的是，吴军中的一位师长突然站起来，指责吴化文是大叛徒。骂完之后，他带着警卫队不屑地离开了会议现场，毫不顾忌其他人的反应。会议气氛一下子变得紧张，大家都没料到这种情况的发生。不过，何克希历经风雨，经验丰富，他并没有表现出任何慌乱，而是继续按照会议程序进行，冷静应对了这一局面。

这一事件暴露了吴化文部队中潜在的巨大隐患，随时可能发生兵变。此时，华东野战军主力正在参加淮海战役，如果后方出了问题，后果不堪设想。何克希意识到问题的严重性，决定做好最坏的打算。当天晚上，他命令销毁所有文件，并命令所有人员上膛待命。甚至连屋顶上也设立了哨岗，严阵以待。同时，何克希联系了地方干部，调集民兵封锁黄河渡口，以防吴军趁机逃跑。稳定吴军的关键，是要稳住吴化文本人。于是，何克希亲自前往吴化文家里，与他进行了深入的谈话，既有威严的施压，也有温和的劝导，最终成功地稳住了吴化文。吴化文对于形势有清晰的认识，曾经形容起义的过程像是妓女从良，这句话充分表达了他内心的复杂情感。只要吴化文稳定下来，其他人就难以挑起事端。即使那位愤怒的师长，也不会再轻举妄动。

吴化文部队的改编过程异常艰难，这在华东野战军的历史上是前所未有的。为了解决这个难题，华东野战军司令员陈毅采取了将起义部队与老部队合并的方式，逐步进行改造。在淮海战役前，华野共有16个纵队，其中包括1至13纵（缺5纵）、渤海纵队、鲁中南纵队，以及中野划归华野指挥的王秉璋所领导的11纵。起义后的吴化文部被列为35军，排列在所有部队的末尾。尽管35军在淮海战役时已经编成，但并未参战。在碾庄战役期间，张克侠的59军和何基沣的77军也相继起义，华野因此增加了两支新的起义部队。这三支起义部队的整编问题变得非常迫切。

陈毅继续采取灵活的整编策略，将渤海纵队和张克侠部合并组成33军，江淮军区的部队与何基沣的部队合并为34军，鲁中南纵队与吴化文部合并为35军。在这次整编中，渤海纵队和江淮军区的部队改编得较为顺利，但鲁中南纵队的反应较为激烈。毕竟，吴化文部曾在鲁中地区留下了许多血债，而鲁中南纵队的大部分成员来自当地，难免心中有怨。幸运的是，陈毅工作十分细致，吴化文也多次公开检讨，态度诚恳，最终，风波得以平息。

吴化文的起义对于整个战局具有重要意义。在华野制定济南战役的攻济打援计划时，预计战役的伤亡将达到五万人，其中攻城部队约三万人，打援部队约两万人。根据20%的阵亡率计算，牺牲的可能会超过一万，后勤部门甚至准备了五万丈包尸布和千口棺材。许世友在动员时也直言不讳地说：棺材都给你们准备好了。然而，吴化文的起义大大削弱了蒋军在济南的防御力量，使得华东野战军攻城部队的伤亡大幅减少，最终伤亡人数降至约2.6万人，其中阵亡近三千人。吴化文的起义功不可没。

在新成立的35军中，原吴化文部仅占三分之一。吴部曾经历了大幅缩编，三师虽然保留了番号，但实际上每个师的编制仅剩三团。经过改编后，35军依然保持了三师编制，但每个师中，鲁中南纵队占了两团，吴化文部仅占一团。这样，吴化文的旧部再也难以单独作乱。整编虽然完成，但要彻底将这些部队改造成人民军队，思想改造才是关键。淮海战役结束后，35军被调往符离集集训，何克希将所有营级以上的干部召集到军部进行集中整训，同时在基层连队开展诉苦运动，启发士兵的觉悟。这是我军传统的解放战士教育法，效果显著。经过这一轮教育，原吴军的官兵焕然一新，几乎就像换了一批人。

从起义到完成改造，华东野战军花了大约三个月的时间。与后来的傅作义部和陈明仁部相比，吴化文部的改造成效最好，不仅整个部队保留了编制，而且没有发生叛变。正如陈毅所言，吴化文部从起义时的一个军，到改造后的一个军，不仅没有被视为杂牌，反而成为了真正的自家人。因此，吴化文部也成为蒋军起义部队中的楷模。 在渡江战役中，35军完成了攻占南京总统府的壮举，这也是吴化文一生的骄傲。虽然最终攻占总统府的是312团和315团——即原鲁中南纵队的部队，但作为35军军长，吴化文无疑应该为这一胜利感到自豪。他甚至用当了一辈子婊子，最终踹了老鸨的窝这句名言，形容自己起义的心路历程。