虽然都使用了整个朝廷,但是镰仓幕府、室町幕府和江户幕府还是有区别的。镰仓幕府和天皇朝廷实行“公军并行的体制”。天皇朝廷仍然控制着一定的领土和实权,但无法与镰仓幕府抗衡。镰仓时代的天皇是受到幕府镇压的地方政府,因此天皇可以从事所谓的“皇权叛乱”。
室町幕府时期,由于北朝依靠室町幕府建立并世袭垄断天皇职位,室町时期天皇的政治影响力大大削弱,但他与幕府的关系却更加密切。室町时代的天皇被认为是与幕府结盟的政治力量。虽然他的政治影响力被大大削弱,但直到战国时期到来,他才勉强维持经济自给自足。
到了战国时期,天皇朝廷控制的少数领土已被武士夺去,其政治影响力接近于零。失去了财源的皇帝朝廷,沦落到靠卖官、妃嫔、婢女为生的地步。大批大臣沦为职业“乞丐”。这种尴尬的局面直到织田信长落后才改变,因为织田信长给了他钱。
然而,织田信长并不是一个慈善家。虽然他给了朝廷大量的财产,但是他却不肯归还从朝廷上夺走的领土。这样一来,天皇朝廷的财政资源基本被武士政权所控制,经济独立性降低。后来丰臣秀吉发扬了织田信长对待天皇的方法,基本上消除了天皇朝廷的经济独立。
德川家康的江户幕府将织田信长和丰臣秀吉的功绩制度化,将天皇朝廷的财政收入彻底变成了幕府财政支出的一部分。也就是江户幕府每年给整个天皇朝廷十万石。 (后来增加到二十万石)俸禄。天皇朝廷除了江户幕府给予的俸禄和奖金之外,几乎没有其他收入来源。
正因为如此,江户时代的天皇实际上成为了幕府的“工作者”,就连他的日常言行都受到幕府制定的“禁律公法”的严格限制。江户时代的天皇也曾想过通过探索其他财富来源来摆脱幕府的控制,但他立刻就会遭遇幕府的强烈打击,比如明治四年的“紫布诏事件”宽井(1627)。
总体来说,相比镰仓幕府和室町幕府,江户幕府对天皇的控制力空前加强。天皇与幕府的关系从镰仓时代与幕府平起平坐,到室町时代勉强自给自足,最后沦为江户时代的“打工仔”。如果不是后来中下层武士选择放弃江户幕府,天皇或许也难逃被废黜的结局。