1949年7月2日，叶飞、韦国清率领10兵团南下福建，没过多久就解放福州等重镇。叶飞乘胜追击，发起了漳厦战役，并计划趁势解放厦门、金门等地。战事进行得十分顺利，解放军相继解放漳州、厦门等地，完成了对金门的大体包围。

为了彻底扫清金门等地的残敌，金门战役的计划提上日程，然而刚刚解放福建大部分地区，解放军就仓促准备金门战役，其中存在着不少隐患。时任85师师长的朱云谦，就注意到准备工作的问题，并计划将情况上报。

当时，负责主攻的28军大部分将士都是北方人，并不擅长登岛作战。兵团上下对于金门战役并没有太重视，认为厦门都轻松打下来了，缺乏防御工事的金门，自然能轻松拿下。

结果，兵团上下都忙着厦门等地的善后安置工作，部队并没有认真做攻打金门的准备。28军等部队在准备行动前夕，就在不断搜集作战用的船只，可沿海一带早已被国民党搜刮一空，想要找到符合作战需要的船只并不容易。

朱云谦来到28军后，就发现这些问题，部队内部也有许多人谈起了这些情况，认为应该推迟金门战役的时间，准备好了再行动。了解实际情况后，朱云谦认为需要将这个情况报告给兵团高层，他立即赶回了厦门。

遗憾的是，朱云谦赶回厦门了后，发现兵团司令部已经改为了厦门军事管制委员会。叶飞等兵团领导正忙着处理厦门等地物资供应的问题，朱云谦根本插不上话，无奈之下他只能放弃。

其实在此之前，朱云谦也向提出：请他建议兵团推迟攻击金门时间。但被肖锋拒绝。因为此前，肖锋同志也曾一再向兵团建议推迟攻击金门，都没有得到兵团的同意，所以他早感到不便再提意见。

最终，惨烈的金门战役并没有取得预期的效果，解放军攻岛部队遭遇重创，金门战役以失败告终。金门战役的失利在全军内部产生了极大的影响，叶飞等兵团领导人纷纷向上级做出了检讨。

身在莫斯科的毛主席也十分重视此战，他后来还特意给林总等人阐述了海岛作战的诸多思路。具体负责这次战役的10兵团，许多人的命运都因此改变，不过战前想要阐述实情的朱云谦，并没有因此受到影响。

金门战役时，朱云谦本来奉命渡海进入金门指挥作战，然而部队的准备十分不充分，已经开始了还没有找到足够的渡船。无奈之下，朱云谦不得不放弃渡海的计划。

战后不久，28军进行一番人事变动，朱云谦升任28军参谋长。没过多久，他就迎来了一个难得的机遇，新中国正在筹备空军部队，需要大量的人才。朱云谦的才能得到上级的认可，他被调入空军，担任空军陆战第一旅旅长，后又升为师长。

国庆阅兵的时候，参与阅兵的空降兵方阵正是来自朱云谦的部队，尽管之前并没有接触过空军的工作，但朱云谦还是把工作做得十分到位。他的表现得到上级的重视，不久朱云谦就被送到了南京军事学院空军系深造，毕业后出任了广州军区空军副司令。

那时，中央正从各级部队提拔年轻干部，朱云谦就是其中之一，他也凭借着自己的能力，一点点成为了空军的高级将领。可惜的是，朱云谦后来受到特殊时期的影响，不得不停止工作，他的事业进入到了低谷。

幸好他挺过了这段艰难的岁月，1974年1月，朱云谦顺利复出，他又回到了自己工作多年的广州军区，继续在这里主持空军的工作。他在这里兢兢业业工作多年，无论是空军的训练，还是空军航校的建设教学，这些工作他都做得十分到位，在军区的诸多将领中，朱云谦是一个难得的全才。

因此，在1978年10月，朱云谦顺利进入总政，担任副主任，没过多久他又兼任了总政干部部长一职。虽然朱云谦仕途十分顺利，在战后还能快速升迁，年纪轻轻就担任要职，但朱云谦平日里待人谦逊，对自己要求十分严格。

他在总政工作多年，工作上的事情从来都不马虎，一定要认真做好一切。后来，朱云谦退休，晚年的他依旧保持着过去的习惯。1989年，朱云谦的病情恶化，他意识到自己的时间不多了。

得知朱云谦的病情后，许多战友同事都来看望他，没想到朱云谦对大家表示：自己为革命事业奋斗了几十年，有做得好的地方，也有做得不好的地方，希望能在生命的最后一刻，听到大家对他的批评。如此谦逊的态度，让在场的人们十分动容，1989年1月28日，朱云谦因病逝世，享年70岁。