洪武三十一年(1398年)朱元璋死，因其长子朱标已于洪武二十五年病死，就由皇太孙朱允炆即位，年号“建文”。朱允炆为皇太孙时，已感到“诸王以叔父之尊，多不逊”。一天在东角门和他的伴读黄子澄商量对策：“诸叔各拥重兵，何以制之？”黄子澄满有把握地答复说：“诸王护卫兵，才足自守，倘有变，临以六师，其谁能支！”并以汉景帝平定吴楚七国之乱为佐证，来说明地方藩王的势力是不足忧虑的。

朱允炆即皇帝位后，就和他的亲信大臣齐泰、黄子澄等密议削藩。决定先削周、齐、湘、代、岷诸王。认为“周王，燕之母弟，削周是剪燕手足也”，“遂命李景隆帅兵袭执之”。接着就废周王橚及岷王楩为庶人，“幽代王桂于大同，囚齐王榑于京师。湘王柏自焚死”。同时在北平周围部署兵力，准备袭燕。

朱允炆对齐泰说：“今欲图燕，燕王素善用兵，北卒又劲，奈何？”齐泰回答说：“今北边有寇警，以防边为名，遣将戍开平，悉调燕藩护卫兵出塞，去其羽翼，乃可图也。”于是以工部侍郎张昺为北平左布政使，以谢贵为都指挥使，在北平城内监视朱棣的动静。朱允炆又命都督宋忠率兵三万及燕府护卫精锐屯开平。命都督耿瓛练兵于山海关，徐凯练兵于临清。

燕王朱棣(朱元章第四子)在僧道衍(姚广孝)的策划下，“练兵后苑中”，“日夜铸军器”。朱棣则“佯狂称疾”，当张员、谢贵到王府去察看时，朱棣在盛夏时节还围着火炉，颤颤抖抖地说“寒甚”，在宫中行动时也扶杖而行，以欺骗朱允炆的耳目。

朱允炆认为部署停当以后，于建文元年(1399年)六月，密令张员、谢贵动手。同时又密敕原来为朱棣所信任的北平都指挥张信逮捕朱棣，但张信却把朱允炆的策划都密报朱棣。朱棣令其亲信护卫指挥张玉朱能“潜纳勇士八百人入府守卫”。

七月，朱允炆又下令逮王府官属，谢贵等统率北平在城七卫并屯田军士围王城，索所逮诸官属。当时北平满城都是谢贵所统率的军队，而朱棣王府护卫的精锐军士都被调到开平，形势对朱棣十分不利。朱棣和张玉、朱能商议，决定先擒杀张昺、谢贵，除掉了统兵将领，其他的士兵就好对付了。

朱棣说：“是当计取之。今奸臣遣使来逮官属，依所坐备收之。即令来使召昺、贵付所逮者。员、贵必来，来则擒之，一壮士力耳。贵、昺被骗前来王府，在酒席间被擒杀。围王城的将士听到张昺、谢贵被逮，皆溃散。朱棣即命张玉、朱能等率兵乘夜攻夺了九门，控制了北平，起兵反抗。

朱元璋在世时怕权臣擅政，规定地方藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利。至此，朱棣就援引这一规定，作为起兵反抗的借口。但朱元璋的《祖训》是：“新天子正位，如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王统领镇兵讨平之。”

朱棣没有也不可能得到天子的这种密诏。为了师出有名，所以朱棣又说：“予已上书陈情，请诛奸臣，今少主为奸臣所蔽，恐不见答，则惟应以尔等清君侧之恶扶国家之既坏。”这样，朱棣便使自己的举兵反抗“名正言顺”了。他称自己的举动为“靖难”，即靖祸难的意思。