在古代，中原王朝与北方游牧民族始终存在斗争与融合，但是无论如何数千年来双方却始终没有征服对方，更没有完全融合对方。而明末崛起的后金则在短短数十年就成功联合，甚至融合了漠南蒙古进而开启了统一全国的进程，不能不说满族完成了中华民族历史上一大功绩。

明末，女真建立后金政权。1636年后金改为清，漠南蒙古各部封建主，也先后被清朝征服。1644年明朝灭亡后，清军入关统一中国，直到1757年平定准噶尔部落。至此蒙古族完全置于清朝的统治之下。清朝为了加强对蒙古族的统治，在重新调整蒙古原来的大小封建领主的基础上，参照满族的八旗制度，在蒙古族地区建立了盟旗制度。颁布了以盟旗制度为核心的一系列诏令，强化和发展了蒙古的封建制度。但清朝在蒙古地区推广喇嘛教，实行“蒙禁”。

努尔哈赤兴起后，对蒙古采取了既不同于中原汉族皇帝、也不同于金代女真皇帝的做法。他用编旗、联姻、会盟、封赏、围猎、赈济、朝觐、重教等政策，加强对蒙古上层人物及部民的联系与辖治。后漠南蒙古编入八旗，成为其军政的重要支柱；喀尔喀蒙古实行旗盟制；厄鲁特蒙古实行外札萨克制。后康熙帝说：“昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固。”清朝对蒙古的抚民固边政策，其经始者就是努尔哈赤。

分而治之 宗室联姻

清朝对内蒙古实行特殊管理。一方面以联姻来笼络蒙古各部首领，以宗室女外嫁各部首领及其子侄。另一方面在政治上实行分而治之的“扎萨克制”，亦即盟旗制度。

按照这种制度，原蒙古各部称为盟，是内蒙古地区最基本的行政单位，旗设旗长，即“札萨克”，为世袭之职位。旗下设佐、什，受旗长管制。若干相邻的旗为一盟，盟有盟长，由中央直接任命，多选旗长中势力大、威望高、与中央关系亲密者任之。盟为监察区，不属行政单位。当时主要有哲里木、昭乌达、锡林郭勒等盟。各盟旗直接对中央负责，受中央理藩院的管理。另外，在内蒙古地区设热河都统、察哈尔都统和绥远副将军，率军驻防要地，以加强军事控制。但各都统、将军不干涉行政事务。

清统一了蒙古各部后，对蒙古的统治策略是，既要使其不再成为朔方边患的势力，又要笼络其奴隶主们统治蒙古族人民，使蒙古成为清政府统治全国的一支重要军事力量和清帝国北部疆域不设防的屏障。包括在蒙古大力扶植推广喇嘛教，有效的收服了人心，维护了蒙古地区安定局面。

清廷还颁布谕旨严禁汉人进入蒙古地区开发耕种。所以整个清朝时期，蒙古地区农业化是在严密的朝廷监督之下进行的。

顺治三年(1646)，卫拉特各部（包括准噶尔部）首领二十二人联名奉表贡，清廷赐以甲胄弓矢，命其统辖诸部。——确定了主权关系，青藏高原和新疆等地 正式纳入清朝的主权版图（1635年还没有“命其统辖”，没有这种形式上的确认性授权关系）。 因此，噶尔丹对抗清朝，在关系上是叛乱。1636年和硕特首领兼卫拉特盟主固始汗遣使表示归顺后金（清朝前身），因为他是盟主，所以他归附清朝也代表卫拉特归附清朝，而后来噶尔丹对抗清朝是一种反叛了。

噶尔丹深受喇嘛教的影响，一直想建立一个以喇嘛教为国教的准噶尔帝国，所以，他第一步在1678年率兵攻灭了叶尔羌汗国（今中国南疆附近），同时，又用兵于哈萨克，巩固在那里的统治。噶尔丹在征服了西方的哈萨克汗国之后，便集结兵马和清朝互相争夺原漠南、漠北，在1690年，攻入喀尔喀，长驱东进，直取乌珠穆沁，然后拨转锋芒，在赤峰附近的乌兰布通南下。于是清朝筹集大军于1755年春分南北两路进攻达瓦齐。达瓦齐军在清军和阿布赉军的东西夹击下，很快就溃逃瓦解，达瓦齐也被霍集斯伯克擒获送交清朝，后清朝又在1757年平定阿睦尔撒纳的叛乱，准噶尔汗国彻底灭亡。1759年，兆惠率清军征服天山南路，至此天山南北尽并入清帝国版图。