洪武二十五年(1392年)太子朱标病死，明太祖立朱标次子朱允炆为皇太孙。

朱允炆因生性“颖慧好学，性至孝”，而深得朱元璋的喜爱，称赞他：“而诚纯孝，顾不忘我乎。” 不过，对于这位“仁柔少断”的皇太孙将来继任帝位，朱元璋并不十分满意，曾一度打算立朱棣为太子，后因翰林学士刘三吾的劝谏，才没有这样做。

历史常有惊人的相似之处。

朱元璋给儿子们封王建藩，同样出身卑微的刘邦也采用过。刘邦建立汉朝后，立即分封同姓诸侯王，作为刘家天下的屏障。出乎意料的是，那些同姓诸侯王野心勃勃，与中央分庭抗礼。汉景帝接受晁错的“削藩”主张，引来了藩王的反叛——吴楚七国之乱，他们的借口就是“请诛晁错，以清君侧”。

朱元璋是这样说的：“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民，今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。”从全国来看，这些封藩主要有两类，一是腹地，二是边塞要地。受封诸王在自己的封地建立王府，设置官属，权力相当高。

每一个藩王食粮万石，并有军事指挥权，于王府设亲王护卫指挥使司，辖军三护卫，护卫甲士少者3000人，多者1.9万人。边塞诸王因有防御蒙古贵族侵扰的重任，所以护卫，甲士也比较多。

他们在边塞负责筑城屯田、训练将兵、巡视要害、督造军器。晋王、燕王多次出塞征战，打败元朝残余势力的军队，尤被重视，军中大将皆受其节制，甚至特诏二王军中小事自断，大事才向朝廷报告。尤其是燕王，由于功绩卓著，朱元璋令其“节制沿边士马”，地位独尊。

藩王势力的膨胀，势必构成对中央政权的威胁。在朱元璋大封诸王的时候，曾有人向朱元璋进谏，藩王势力过重，数代之后尾大不掉，到那时再削夺诸藩，恐怕会酿成汉代“七国之叛”、西晋“八王之乱”的悲剧，提醒朱元璋“节其都邑之制，减其卫兵，限其疆土”。但是朱元璋没有听从这个建议，觉得都是自己的后代，不会做出这种事情，并授予他们“清君侧”特权的做法，没想到中央政权与藩王之间的矛盾，在朱元璋死后就立即强烈地爆发了。

建文四年，燕王朱棣攻下当时的首都南京，建文帝下落不明，有说被烧死，也有说趁机逃了，究竟如何，众说纷纭，这就是建文帝生死之谜的由来。

燕王朱棣为了登上帝位，必须宣称建文帝已经死亡，否则他就不可能称帝，毕竟是被朱元璋承认的正统皇帝。而且朱棣要想确保帝位的正统，首先必须否定建文帝的合法性。

因此他既不给建文帝应有的谥号，也不承认建文的年号，把建文四年改称洪武三十五年，表示他不是继承建文帝的帝位，而是直接继承太祖高皇帝朱元璋的帝位。就这样，他成为明朝的第三代皇帝——明成祖，第二年(1403年)改元为永乐元年。

当时朱棣攻城的时候，很多文臣武将倒向朱棣，建文帝怎么可能那么容易就逃走呢，所以小编猜测，朱棣是不想背负弑君的罪名，尽可能的想让自己站在正义的一方。所以自导自演了这么一场戏，其实可能建文帝早就被他杀害了，建文时期的人又都被杀了，而且后世一点消息都没有，所以最有可能的就是被杀了。