综合业务一科

承担报关单及随附单证审核、报关单修撤、税款征收、通关事务担保、现场验估、滞报金及滞纳金的征收和减免、直接退运等工作；承担原产地证书制证发放及归档等工作；承担检验检疫签证工作。

综合业务二科

承担日常综合业务协调；承担税政调研、统计相关工作；承担与海关管理相关的技术性贸易措施工作；承担知识产权海关保护工作；承担改革事项相关工作；承担参与地方政府相关发展规划的研究落实等工作。

法制科

承担法制、法规、质量评估工作，开展普法教育和法治宣传，承担法制审核等工作。

企业管理科

承担企业资质管理、企业信用管理、加工贸易、海关特殊监管区域及保税仓库管理等保税业务管理工作；承担一个窗口审批、法定的行政许可事项审批及相关事项核批。

稽查科

承担组织实施海关常规稽查、专项稽查、贸易调查、主动披露等工作；承担组织实施企业注册信息核查工作；承担食品进口商或收货人的后续监管；承担备案出口食品企业日常、年度监督管理；承担组织实施进出口商品安全问题追溯调查；承担组织实施对企业遵守检验检疫法规状况的检查。

查检科

承担出口动植物及其产品的检验、检疫、查验、风险监控工作；承担国门生物安全监测工作；承担出口食品化妆品的监督抽检和风险监测工作；承担出口商品的检验、查验工作；承担法检目录外商品抽查检验及风险监测工作；承担出口危险货物及包装检验工作；承担双边协议国家出口装运前检验和监装工作；承担进口转流向货物的查验、抽样等监管工作。

驻龙眼港办事处口岸监管科

承担龙眼口岸进出境运输工具的海关检查、检验、检疫的实施工作；承担进出口舱单、转关运输、物流监控、监管作业场所等管理工作。

驻龙眼港办事处查验科

承担龙眼口岸进出境货物的海关检查、检验、检疫的实施工作。

驻龙眼港办事处旅检科

承担龙眼口岸进出境旅客及其携带物品的海关检查、检验、检疫的实施工作。

驻石岛港办事处口岸监管科

承担石岛口岸进出境运输工具的海关检查、检验、检疫的实施工作；承担进出口舱单、转关运输、物流监控、监管作业场所等管理工作。

驻石岛港办事处查验科

承担石岛口岸进出境货物的海关检查、检验、检疫的实施工作。

驻石岛港办事处旅检科

承担石岛口岸进出境旅客及其携带物品的海关检查、检验、检疫的实施工作。

驻石岛港办事处快件监管科

承担进出境快件和跨境电商的海关通关、检查、检验、检疫的实施工作。

荣成海关综合技术服务中心

承担各类检测业务办理、社会委托业务开拓等工作。

荣成国际旅行卫生保健中心

（荣成海关口岸门诊部）

承担出入境人员传染病监测、健康体检、旅行预防接种、卫生保健咨询、医疗保健门诊、卫生检疫技术科研开发与技术服务，提供技术指导；承担荣成口岸卫生检疫技术保障和支持。